请问日语“百式”是什么意思？

不，单纯是“第100个式样”的意思而已。你说的神武纪年的百式应该指是100式冲锋枪吧，百度百科等中芹野文资料都说是因嫌消喊为神武纪年1000年，但是日文wiki上没有任何相关说明，看起来也只是第100个型桥神号。