区别在于外形、战力、变身方法、性格上。
1、外形上
超级赛亚人1一开始眼珠先变浅绿（第六宇宙赛亚人加贝的此形态瞳孔为蓝色），接着电光一闪，头发和眉毛变为金色，头发除刘海外全部竖起（注：有些赛亚人因为常态困模发型的原因变身之后外形某些兆清部分不会如上所说那样改变，比如贝吉塔），周身爆发金色的焰气。
超级赛亚人2在超级赛亚人1的基础上气焰会变成喷气状而不是火焰状，头发更加竖立，在散发能量的时候周身有闪电缭绕。
2、战斗力上
超级赛亚人1的战斗力是常态的50倍，特殊情况下甚至可以爆发出强于超三的力量。参考“特兰克斯”。
超级赛亚人2战斗力是超级赛亚人1全功率的两倍，即常态的100倍（出自《超兴奋指南·故事篇》）。本质上是在短时间内爆发出超一的两倍族尺前力量，总能量并无变化，因此消耗体力是超一的两倍。
3、变身方法上
超级赛亚人1变身，方法根据鸟山明在“《赛亚人超最强COMICS》”最新问答中所述——成为超级赛亚人的条件是，体内必须有S细胞。这种S细胞积累到一定数量时，以愤怒为契机令S细胞爆发般增长，身体发生变化成为超级赛亚人。
超级赛亚人2变身，掌握变身前必须成为超级赛亚人或者超级赛亚人全功率。孙悟空和贝吉塔后来也达到了这个形态。
4、性格上
超级赛亚人1变身后易丧失理性，且后续回忆时可能会有丧失部分记忆，所以成功变身后需抑制兴奋，性格还会变得冷酷。
超级赛亚人2孙悟饭也比超级赛亚人（全功率）冷酷，眼神也会变得犀利，性格则会变得自大。
超级赛亚人背景设定：
鸟山明在“《赛亚人超最强COMICS》”最新问答中指出——很久以前，赛亚人的星球还不是贝吉塔行星的时候，一个名叫亚莫西的赛亚人男子拥有正直的心灵，和5个伙伴一起进行反抗。他被战斗员们追杀，初次变身超级赛亚人。
他的变化和强大的战斗力令其他赛亚人为之震惊。虽然亚莫西被人海战术打倒了，但成为了传说的开始。因此，亚莫西是第一个变身成为超级赛亚人的人。比鲁斯的脑电波在预知梦里接收到了亚莫西的灵魂的情报，那美克星长老与亚莫西的灵魂产生共感。流传下来的传说其正是千年一遇，传说中的超级赛亚人。
在东映原创的非正史体系中，孙悟空的父亲巴达克在ova《巴达克之章》中穿越到了一千年前的贝吉塔行星，遇到了弗利萨的祖先齐尔德，因错认成弗利萨并恢复跟弗利沙军战斗的记忆，从而愤怒变成了超级赛亚人，齐尔德也因此彻底落败，留下遗言“小心金色气焰的赛亚人”，自此留下了超级赛亚人传说。
