1795年周文谟入朝时，已有4000名天主教徒，经过周文谟的几年努力，辛酉邪狱前夕朝鲜教徒发展到10000人，遍及朝鲜各个阶层，其中包括王族恩彦君的妻子宋氏和儿媳申氏以及一些宫人。1800年夏，朝鲜正祖突然去世，年仅11岁的王世子李玜继位，是为朝鲜纯祖，大王大妃金氏（贞纯王后）垂帘听政，僻派再度得势，并对时派磨刀霍霍。发生辛酉邪狱的原因，正是天主教与传统价值观的冲突加上时僻党争的共同作用，这一点在当时的信徒黄嗣永给教廷上的帛书中写得很清楚：“东人之毒害圣教，非人性之酷虐也，实有二故，一则由党论甚盛，藉此为挤陷之资也；一则由闻见孤陋，所知者惟宋（宋学）耳，少有不同之行，则看作天地间大变怪” ，又谓“及先陆备王薨，嗣君幼，大王大妃金氏垂帘听政，大王大妃即先王之继祖母，本系僻派中人，本家曾为先王所废，因此积年怀恨而莫能泄。意外临朝，遂挟僻派而肆毒，庚申十一月先王葬礼过，即将一班时派尽行放逐，朝内半空，从前害教之恶党素与僻派相连，见时势大变，哗然并起，有大举之势”。 后世的李能和进一步指出：“纯祖辛酉教狱事，僻派西人即焕（沈焕之）、观（金观柱）、裕（权裕）、淳（金达淳）等实主之，而其里面有大王大妃金氏”。
1801年（朝鲜纯祖元年，辛酉年）正月初十，贞纯王后金大妃颁布教旨，申明天主教为“无父无君”、“毁灭人伦”、“背驰教化”的邪教，下令全面肃清天主教徒，揭开了“辛酉邪狱”的序幕。教旨全文是：
“先王历悉燃每谓正学明则邪学自熄，今闻所谓邪学依旧，自京至于畿湖，而日益炽盛云。人之为人，以有人伦；国之为国，以有教化。今之所谓邪学，无父无君，毁坏人伦，背驰教化，自归于夷狄禽兽。彼蚩蚩之氓，渐染诖误，若赤子之入井，此岂不恻然而伤心乎？监司、守令仔细晓谕，使为邪学者幡然改革，不为邪学者惕然惩戒，无负我先王位育之丰功盛烈。而如是严禁之后，犹有不悛之类，当以逆律从事。守令各于其境内，修明五家统之法，其统内如有邪学之类，则统首告官惩治，当劓殄灭之，俾无遗种。以此下教，自庙堂申明知委于京外。”
随即朝鲜政府在全国范围内严格实施“五家作统法”，即以五家为一统，统首负责向官府告发天主教徒，如隐匿不告，五家连坐，“于是各处骚扰，祸炎愈炽，教友们尤无所措手”。 李端源、前正言李家焕、前县监李承薰、前承旨丁若镛、前正言洪乐敏、权哲身、丁若钟、女会长姜完淑及其家族（教徒崔必恭和天主教总会长崔昌显在金大妃禁教教旨发布前已落网）相继被捕下狱。其后李家焕、权哲身不堪刑讯，死于狱中。二月二十六日，丁若钟、崔昌显、崔必恭、洪教万、洪乐敏、李承薰等被判斩首示众，丁若铨、丁若镛兄弟以有悔意，改为流放。
1801年三月十二日，朝鲜教会的领导人周文谟神父为保护信众而自首，在审讯过程中提及了金健淳等信徒及恩彦君之妻宋氏和儿媳申氏，于是金大妃下令将宋氏和申氏赐死，后来又赐死了恩彦君，同时抓捕金健淳、姜彝天、李喜英等人。四月将周文谟枭首于军门，金健淳等一干人亦被处斩。
1801年四月二十五日，全罗道观察使金达淳将天主教徒柳恒俭、柳观俭、尹持宪等押送汉城，并牵连二百余人被捕。最后大部分人背教而获释，柳恒俭、柳观俭兄弟及尹持宪、金宇集等最后因图谋请来西洋军舰而被处死，随后姜完淑、洪弼周母子等人也被问斩。
1801年九月二十九日，天主教徒黄嗣永被捕，并搜出了他试图发给教廷的帛书。该帛书不仅主张西洋捐助朝鲜教友，还乞求教廷说服清朝吞并朝鲜，隶属宁古塔，派亲王监国，并以朝鲜宗室女肢虚为清朝皇后，还要求西洋出动数百艘军舰，数万精兵，威胁朝鲜人信仰天主教。 后来黄嗣永被凌迟处死，成为‘辛酉邪狱”中量刑最重者。
由于“辛酉邪狱”涉及到华人，所以朝鲜政府决定将此事通报宗主国清朝，为是年冬例行派遣的冬至使加入了陈奏之任务。在朝鲜冬至兼陈奏使曹允大向礼部呈上讨邪奏文及缩略版黄嗣永帛书以后，清廷反应平淡，并不相信朝鲜教徒与北京传教士联系，只说“该国王惟应严饬本国官民，敦崇正道，勿惑异端，自不至滋萌邪慝。至所称‘余孽或有未净，恐其潜入边门’，所虑亦是。已降旨饬令沿边大吏，一体严査。设遇该国匪徒潜入边隘，一经盘核，即发交该国，自行办理，以示朕抚辑怀柔至意”。 清朝并未因周文谟被处死而问责朝鲜，朝鲜也就放心了。
1801年十二月十八日，朝鲜政府以纵容天主教为由追夺蔡济恭官职。同年十二月二十二日，朝鲜王朝在昌德宫仁政殿举行讨邪陈贺仪式，并以国王纯祖之名义颁布“讨邪教文”（斥邪纶音），“辛酉邪狱”画上句号。 辛酉邪狱期间，在全国大肃清的状况下，义禁府、刑曹和捕盗厅，以及地方监狱到处关押教徒，人满为患，大部分教徒为求生而背教，坚持信仰而被处死或拷打而死的有300多人。
