1916年神桐6月袁世凯死后,黎元洪任总统,段祺瑞以国务总理兼陆军总长掌握北京政府大权。他们在日美为控制中国展开争夺的情况下,矛盾日益激化。段祺瑞依靠曹汝霖等亲日派官僚,急欲取得日本帝国主义的援助,积极主张对德、奥宣战。但是参战问题遭到黎元洪和多数国会议员的反对。
1917年5月黎元洪免去段祺瑞国务总理职。皖系便煽动十余省区的军阀通电“独立”,发兵进逼北京。7月,张勋乘机拥清废帝溥仪复辟竖御(见张勋复辟)。段祺瑞率兵讨伐,在全国人民声援下,迅速打败张勋,重新控制政权。直系首领冯国璋虽接任北京政府总统﹐但无实权。
北京政府宣布:民国法统中断,再造共和,决定另组国会、重余瞎岩议宪法。皖系不惜出卖国家利权,向日本大借外债,其中仅西原龟三经办的八笔借款就达一亿四千五百万日元。他们乘机编练“参战军”,扩充皖系实力,鼓吹以武力统一全国。1917年秋发动内战,妄图消灭以孙中山为首的南方护法势力。与军事进攻的同时,他们搜罗政客,组织安福俱乐部,指使地方军阀操纵选举,改选议员,孤立、排挤资产阶级温和派。1918年秋,组成以安福系议员占绝对多数的新国会,史称安福国会。皖系军阀又利用安福国会选举徐世昌取代冯国璋任总统,压制直系,以便实行一系专制。
皖系军阀武力统一政策激起全国人民的公愤,也为直系将领所反对。直皖军阀的权力争夺日益加剧。1920年7月,直皖战争爆发,皖系被直、奉军击败。段祺瑞下野、皖系重要头目被通缉,安福国会解散,北京政府由直系控制。皖系军阀逐步被消灭。1924年11月,段祺瑞受国民军、奉系、直系余部推举,任“临时执政”,但他已不是作为皖系首领执政,而只是各派军阀争夺权力的缓冲人物。