dna电泳一般使用的都是琼脂糖凝胶电泳，电泳的驱动力靠dna骨架本身的负电荷。蛋白质电泳（一般指sds-page）一般使用的都是聚丙烯酰胺凝胶电泳，电泳的驱动力靠与蛋白质结合的sds上所携带的负电荷。所以相同点就是样品都是带负电荷的，从负极向正极移动，移动的距离都和样品的分子量有关。而且这两个电泳体系可以互相交换使用。进行大分子蛋白质电泳时，可以考虑换用琼脂糖凝胶，因为该体系孔径大。相反，如果需要精确到各位数碱基的dna电泳也可以使用聚丙烯酰胺凝胶系统，因为使用该系统可以将相差一个碱基的两条dna链分开。不同点首先是样品不同。这个就不用多说了。其次是结果的观察方法不同。dna电泳普遍使用eb做染料，在紫外灯下观察；而蛋白电泳使用的考马斯亮蓝染色，还需要经过脱色芹敬步骤，不过观察起来比较简单。还有就是胶体系的差别，dna电泳通常是一胶跑到底，而蛋白质电泳则会有嫌携慎分离胶和浓缩胶之区别。电泳中样品移动的本质确实是样品所携带的电荷。但是，区分这些条带直接可以用分子量而无需使用电荷数，是因为这些样品的电隐圆荷/分子量比都是恒定的了。以dna分子为例，它在电泳中的移动是靠其骨架中磷酸所携带的负电荷来实现的，而这个磷酸分子又是每一个核苷酸中都有的，所以dna分子所携带的负电荷数是由其核苷酸总数决定的。而且，dna分子中核苷酸的组成动辄成百上千，在如此大的分子量面前，讨论单个核苷酸之间分子量的差别就显得毫无意义。这样，dna分子中负电荷的量就可以用dna的分子量来代替，反过来，dna的分子量也就可以用dna分子所携带的电荷来代替（一句话，dna分子的电荷/分子量比是恒定的）。这在蛋白电泳中（特别是sds-page中）是一样的。在sds-page中，sds将蛋白质变性成直线分子并紧密包裹于其上，使得其所携带的电荷与蛋白分子量成了一定的比例，剩下的就和核酸电泳一样了。
