手指甲上有凹坑多考虑是由于外伤、营养不良、真菌感染、缺铁性贫血、低氧血症等因素引起，可以通过饮食调整的方法改善，也可以通过药物、日常护理等方法调整，对于疾病原因导致的患者需要根据病因治疗。
1、外伤：如果患者受过外部撞击、碾压或有明显外伤史，可能会造成手指甲凹凸不平，伴有局部淤血、疼痛等，可在医生指导下使用活血止痛胶囊、三七片等药物治疗，以缓解症状，促使淤血消散，一般随着人体新陈代谢，新的指甲长出后凹坑会消失。
2、营养不良：手指甲有凹坑可能是营养不良引起，会影响到指甲所需要的营养供应，使指甲变得没有光泽和凹凸不平。一般需要通过饮食的方法调整，尽量多吃一些高营养，包括高蛋白以及富含维生素的食物，比如鸡蛋、牛奶、瘦肉、鱼肉、虾肉、香蕉、苹果、青菜等，尽量做到营养均衡和合理膳食，促进症状改善。
3、感染：手指甲上有凹坑也不排除是真菌或细菌感染引起，由于病原菌刺激很可能会导致指甲部位营养不良和凹凸不平，还可能会导致局部红肿、疼痛等，一般需要配合医生使用抗菌药物治疗，常见的药物主要包括复方酮康唑软膏、酮康唑乳膏、克霉唑软膏、红霉素软膏等。
4、缺铁性贫血：缺铁性贫血也有可能导致手指甲上有凹坑，这种情况一般被称为匙状甲，这时应去医院抽血化验，检查是否有贫血情况，确诊后可以口服多糖铁复合物胶囊、富马酸亚铁颗粒等药物改善贫血问题。
5、低氧血症：长期低氧血症也会导致手指甲有凹坑，患有呼吸系统疾病如慢性支气管炎、肺气肿、支气管扩张等会造成血氧饱和度降低，从而增加患病几率，这时应前往医院明确缺氧的原因，通过氧疗或使用多索茶碱片、沙丁胺醇吸入气雾剂等药物的方式进行治疗。
此外，有少数人群出现指甲上凹凸不平的情况可能是经常涂指甲油或者长期过度使用指甲等原因导致，指甲油当中含有化学性物质，很可能会导致指甲受到损伤，一般需要避免经常涂抹，在使用指甲去抠或者抓东西时可用防护胶带等对指甲进行保护，改善凹坑的情况。
出现手指甲上有凹坑并伴有疼痛等不适症状时，建议及时到正规医院皮肤科就医，完善皮肤镜等检查明确诊断，积极治疗。治疗期间注意保证手部卫生清洁，勤洗手，少使用指甲抠硬物，减少指甲部位的摩擦，有助于恢复。
