对隐孢子虫病目前尚缺乏肯定有效抗病原治疗药物。免疫功能正常的病例经一般对症治疗多能白愈。
对免疫功能低下者及婴幼儿应采取积极的治疗措施，纠正脱水与酸中毒及电解质紊乱，如在使用免疫抑制剂则应予以停用。
(一)、隐孢子虫病的治疗：
1、支持治疗：按肠道传染病隔离，症状严重者应住院治疗,轻症采取口服补液即可。病人因严重腹泻可引起和电解质平衡紊乱，必须注意纠正。免疫功能低下者应加强支持治疗。发作期间避免食用含脂肪及乳糖较多的食物，有助于缓解症状。对营养不良、低蛋白血症者亦应予以对症治疗。
2、病原治疗：至今尚无疗效确切的抗隐孢子虫的药物，认为有一定疗效的药物为螺旋霉素、克林霉素、阿奇霉素、大蒜素等。
有人使用螺旋霉素治疗重症患者，可缓解病情，减轻 腹泻，但不能避免复发。
成人用量2—4g/d儿童每日50—100mg/kg，7—10d为一疗程。大蒜素儿童20mg/次，每日3次，成40mg /次，每日4次，疗程7—10d。
3、免疫治疗：在有免疫功能损害的隐孢子虫病人，尽可能重建其免疫功能是治疗成功的关键。有人曾使用高效价免疫牛的初乳，治疗艾滋病并发隐孢子虫的病人，症状有所缓解，但疗效尚未肯定。
预后隐孢子病的预后和病人的免疫功能状态有密切关系。免疫功能正常者，病程有自限性，预后好。免疫功能有缺陷者，病情较重，病程迁延，很难彻底清除虫体。在艾滋病人中，隐孢子虫病常是难以控制的，并最终可导致病人死亡。
(二)、隐孢子虫病的预后：
隐孢子虫病一般预后良好。
温馨提示：免疫功能正常者隐孢子虫病潜伏期较短，一般3～8d，偶可长达数周。多见于儿童，有自限性。腹泻呈水样便或黏液样便，无脓血，或有恶臭，每日10次以下，持续数天即自愈，常有恶心、呕吐，上腹部隐痛或低热。
症状轻重与粪便中卵囊数量有关，出现症状后粪便中排出卵囊持续时间为7d，约半数病人可达14d，本型多见于儿童，亦可发生于青年等成人。血象大多正常。婴幼儿感染的严重病例，因腹泻较重常导致水和电解质紊乱。偶见有反应性关节炎。
