福全分析形势后认为，厄鲁特军已被击溃，暂无力反攻，应先争取时间让清军士兵养精蓄锐，等盛京大军会师，到时再与噶尔丹决一死战，定能将其完全消灭。
康熙闻报，对福全的部署甚不满意，批评他坐失战机。噶尔丹派人游说，乃是缓兵之计，无论如何应该一鼓作气，彻底击溃敌军。福全不乘胜追击，大大贻误了战机。福全不追，大概有其考虑在，所谓“将在外，军令有所不受”，根据实际情况，福全有自己判断也属正常，另外，人们常说“穷寇莫追”，在摸不清敌军的真实情况之下贸然追击，中了敌人的埋伏也说不定。眼下粮草不足，追击之后的粮草供应如何解决？
相信福全也不想失去一举歼敌的大好机会，白白放走了噶尔丹，定有什么原因，令他做出这个决定。
另外，康熙派皇长子胤褆随福全出征，亦是个错误，皇长子不听军令，与福全相悖，亦随时为指挥埋下隐患。康熙自己也认识到这个问题：“胤褆听信小人谗间之言，与抚远大将军和硕裕亲王福全不相和协，妄生事端，私行陈奏，留驻军前，必致演事，著撤回京”。
康熙之不满，令福全认识到问题之严重，为弥补过错，即刻派人追击噶尔丹，无路可逃的噶尔丹低头认输，并派使臣拿着奏章和保证书向大清请罪，表示愿意撤出边境，永不侵犯。康熙帝应允噶尔丹的请求，但告诫福全要加强防备，噶尔丹生性狡诈，切切不可大意。
十月初，福全派人传信给噶尔丹，逾月未归，福全估计噶尔丹早已出边逃遁。当时，军中粮草匮乏，只能维持几天时间，便下令班师。康熙帝对福全自作主张撤军十分不满，决定先回京再议罪。
十一月，福全班师回京，康熙的怒气还未消退，他让福全的队伍停在朝阳门外听从发落，打了胜仗，却要受到处罚，康熙为福全为未追击噶尔丹的指挥失度埋单。
康熙指责福全不遵从命令，自行其事，并让胤禔作证。可怜的福全无半句争辩，流着眼泪领罪。王大臣等共议福全之责，免去其爵位，罚俸三年，撤三佐领。这之后的几年，福全被冷落，彻底成了闲人。
再说噶尔丹逃出边境，派人向沙皇提议缔结同盟，共击大清。沙俄考虑自身的实际利益，并未与他结盟，噶尔丹自身势力大损，又无外力支援，自是难有作为。
康熙三十三年（1694年），不甘心失败的噶尔丹，再次挑衅大清，并煽动蒙古诸部背叛。第二年，更是率兵侵入巴颜乌兰大肆抢掠，又成内患。
这一次，令康熙下定了彻底消灭噶尔丹的决心。
康熙三十五年（1696），康熙帝第二次亲征，先前获罪的福全亦随军前往，再一次击败噶尔丹。
第二年，康熙帝第三次亲征，追歼噶尔丹残部，在走投无路的情形之下，噶尔丹服毒自杀，时年五十四岁（又一说是暴病身亡），噶尔丹部下将其的尸首交与清军。从此后，世上再无噶尔丹，北方边患得以消除。
康熙四十二年（1703），福全生病，康熙亲临其府内探望。之后康熙出巡塞外，得福全病重消息，特命随行诸皇子还京看望。六月二十四日，福全病故，终年五十一岁。康熙帝立即停出巡，赶回北京，亲自为兄长祭奠，悲恸不已。
福全与康熙帝年纪相仿，自幼相伴，手足之情自是深厚。更何况福全与世无争，深得人心。
有一件事，颇能说明兄弟的情谊。
康熙三十八年，四十六岁的康熙帝，让画师为他和福全画了一幅画，兄弟俩同坐桐阴下，有兄弟携手同老之意。在内心里，福全是其亲密的兄长。
