《叛逆的物语》讲述的是发生在电视版结局之后的全新剧情。
就读于见泷原中学的鹿目圆、美树沙耶香、巴麻美、佐仓杏子，每晚都在以魔法少女的身份与人类的恶梦具象化的怪物“梦魇”战斗着。同样身为魔法少女的转学生晓美焰也加入其中，五位魔法少女与麻美的朋友“贝贝”以及魔法的使者“丘比”一同击退梦魇，
但在这个过程中，焰开始察觉到违和感。她向杏子说明了自己的感觉，并邀请杏子一同展开调查，但两人却无法走出见泷原以外，焰由此认定自己和伙伴们的记忆遭到某人的篡改，以及自己身处的见泷原是“魔女”所构筑的结界。
然而魔女应该已经不存在于这个肢者世上——曾经，将魔法少女的希望变为绝望，并令她们变为魔女的悲惨因果，这样的世界已经由鹿目圆以自己的存在为代价而改写。她自身形成了新的概念“圆环之理”，背负了将全部魔女在诞生前消灭的宿命，而见证了这一切的焰则继承了圆的意志，成为唯独保有世界重构前记忆的人，与魔女的替代产物魔兽展开战斗——本该是这样。
取回有关魔女记忆的焰，察觉到贝贝的正体是在自己的经历当中曾杀死过麻美的魔女“夏洛特”，她抓住贝贝质问，却因此招致与麻美的战斗。焰在激烈的战斗最后落败，被突然现身的沙耶香救走。逃离险境之后，沙耶香向焰阐述自己的见解。
她认为这个见泷原的和平景象，是因为结界制造者期待这个世界的缘故，同时质疑破坏眼前安逸的必要性，而焰则对于沙耶香的态度抱持疑惑。另一方面，麻美也开始对自己的记忆产生怀疑，此时贝贝告诉麻美，自己是名为“百江渚”的魔法少女，并希望她倾听自己的话。沙耶香以超出焰记忆的熟练动作脱离，跟丢了沙耶香的焰在夜晚的街道游荡时遇到了圆。
两人在山丘上交谈，期间焰确认了与自己对话的圆是真正的圆，同时体认到圆与自己及朋友们永别的悲哀，不禁潸然泪下。不久，焰终于得出“这个虚假的见泷原，正是因自己的愿望而在灵魂宝石中创造出来的世界”这一结论。现实世界中的焰，已经处在濒临魔女化的状态，而造成这种现象则正是丘比——“孵化者”为了确保“更加有效率地收集感情能量的方法”
而施加干预的结果。丘比从焰之处听说魔女的存在后，为了验证圆环之理与魔女的存在，自外部干涉焰的灵魂宝石，使来自外部的干涉被切断，但来自内部的干涉却不会隔绝。因此，在魔女化的焰的期望下，包含圆在内的一部分人被召唤至结界当中，并被改写了记忆，形成了虚假的见泷原。丘比的最终目的是通过观测圆环之理对其进行干涉和控制，
但此时结界内的圆由于失去原本的记忆而令丘比的企告拆图无法实现。若是圆取回有关圆环之理的记忆，则丘比可以达历友薯成目的，焰也可得到救赎，深明此点的丘比催促焰向圆寻求救济。但这种践踏圆的本意的心思使焰被激怒，她为了不让丘比得逞，选择了不接受圆环之理的救赎、令自己魔女化并被同伴打倒的选项，但这同时也意味着焰将陷入万劫不复的绝望之中。
就在焰选择了破灭之时，圆和同伴们为了拯救焰而出现。原来沙耶香与渚是死前受引导所救赎，成为“圆环之理随从”的存在，可视需要在魔法少女和魔女的形态互换。洞悉丘比实验计划的圆，则早在进入这个世界前，就将自己的力量与记忆嘱托给沙耶香和渚运送。在众人的活跃之下，覆盖魔女结界与焰的灵魂宝石的空间遮断力场被破坏，丘比的图谋以失败告终。
圆取回了作为圆环之理的记忆与力量，现实世界的焰也即将受到圆环之理的引导。在麻美和杏子的看护之下，身为圆环之理的圆与一同前来的沙耶香、渚自天上现身，为了引导焰而将手伸向焰的灵魂宝石。但此时，焰的脸上却浮现出了诡异的微笑，并抓住圆的手臂，将她作为“人类”的部分抽出。这一行为将圆环之理的一部分切裂开来，而焰的灵魂宝石也染上了超越诅咒的恐怖颜色，
世界则经由焰的手再度被改写。焰自称染黑自己灵魂宝石的甚至不是诅咒，而是“比希望更热烈、比绝望更深刻的感情——爱”，而做出渎神举动的自己则已经堕落为“魔”。看到事态已经超出自己控制范围的丘比虽然打算退出，却被焰强行抓住，并为了净化世间的诅咒而要求他为自己干活。在改写后的世界中，麻美和杏子回归原本的生活，而沙耶香和渚则无法回归圆环之理，
再度以人类的身份在世间生存。尚残留着有关圆环之理记忆的沙耶香，对焰亵渎圆环之理的行为做出谴责，但焰却回应“我只是取下了圆作为人类的记忆”、“身为魔的我对抗神是理所当然的”。沙耶香也在焰的影响下逐渐失去有关圆环之理的记忆，但唯独留下了焰是“恶魔”的这一记忆。
圆以转学生的身份转入焰的班级，在焰带着圆参观校园之际，圆说自己“似乎忘记了什么重要的事情”。焰向圆询问对于她来说秩序或是欲望哪一个更重要，在圆答以“秩序”之后，焰认为自己终有一天将与圆敌对。之后，焰把当初圆送给她的丝带还给了圆，含泪说道“果然，还是你比较适合呢”。
半月之夜，焰坐在悬崖边的椅子上，而她的脚下，则是已经满身疮痍的丘比。随后，焰开始在降雪的月夜之下起舞，自高台一跃而下…《叛逆的物语》就此闭幕。
扩展资料：
角色介绍——
1、鹿目圆
希望“魔法少女在绝望后变为魔女”这一悲剧连锁终结，解放所有魔法的魔法少女。这个愿望非常庞大，以至于小圆因为实现这个愿望自己成为了世界的一种概念，本身的身体消失了。
2、晓美焰
为了拯救小圆而不断轮回在与她相遇的那一段时间的少女。有控制时间的能力，凭借此能力在规则被改变的世界里仍记得小圆。为守护小圆而付出的少女。
3、巴麻美
是作为小圆、沙耶香的前辈而存在，早就在见泷源市的魔法少女。在剧场版中曾经误会小焰，致使两人大打出手，然而化解矛盾后便一直为小焰而战。
4、美树沙耶香
小圆的好友，是以治疗为愿望的魔法少女。在剧场版中，因为小圆的愿望得以实现后，由于因果的关系得到了复活，作为”圆环之理“的使者而存在着，潜伏在魔女的结界中，意图救出小焰。
5、佐仓杏子
邻町风见野的魔法少女，由于愿望导致家庭破碎所以决意只把魔法的力量用于自己的魔法少女。在剧场版中和沙耶香关系非常好，了解了事情的来龙去脉后也加入了为小焰而战的队伍。
