《魔法高校劣等生》故事发生在二十一世纪末的日本。魔法，这不是一个传说，而是现代科扮物学的一项技术。它被应用至今已经过了一个世纪。曾经被称为“超能力”的先天具有的能力被以“魔法”这个名字的体系替代，高超的魔法师被认为是国家的实力。西历 2095 年的春天，新生入学的季节。国立魔法大学附属第一高校——通称“魔法科高校”，是由成绩优秀的“一科生”，和作为一科生替补的“二科生”所构成，他们也各自被冠上了“花冠（bloom）”，以及“杂草（weed）”之名。就在这样的魔法科高校里，一对兄妹入学了。兄长是，拥有缺陷的劣等生。妹妹是，完美无缺的优等生。无论什么事都抱着乐观态度的劣等生兄长，和对他抱着作为血亲以上感情的优等生妹妹。随着这两人进入这间精英学校的大门，这平稳的学院，也开始了骚乱的日常。司波达也shiba tatsuya（司波たつや、しば.たつや）本作的主角。2095年春天跟妹妹司波深雪一同入读拦缺档第一高校。因为他在4月出生，与妹妹只相差了11个月，两人仍被分配在同一学年。毫无疑问是名100分的好哥哥，同时亦是名重度妹控，多次无视场合在友人面前对妹妹展露出禁断的言行。正经的外表下不时透露出腹黑个性，特别在妹妹不在场时曾多次用言语调戏其他女性朋友。个性冷漠，对妹妹之外的事情漠不关心，会毫不犹豫残酷对待意图伤害深雪的人。其实入读一高后并不如之前冷漠，也会关心身边的友人。天生就会最高级别的分解、重组能力。能对事象的情报体作出干涉，从而令事象从世上不留痕迹地消去；又或是无视现有状态，令其恢复至最多24小时之前的模样（仅限物理伤害，精神无法恢复，而且本人要根据受伤时间承受多达对方百倍的痛苦）。这两项能力的难度过高，单单两项就占据他大脑内所有的魔法演算领域，无法施展其他魔法。但从定义上分解、重组的能力并不算作魔法，所以幼年的达也因为无法施展魔法而被四叶家唾弃。四叶深夜为了达也能在家族中生存，对其进行了人造魔法师的精神改造，植入了人工魔法演算领域，因此获得了闪忆演算和简单工程的魔法能力，但失去了所有强烈冲动的感情，仅剩对妹妹的兄妹之情。被四叶家称为"感情残缺的冒牌魔法师"，成为深雪的「守护者」，一直守护着深雪。冲绳防卫战中，使用重组能力将频死的深雪、深夜和穗波救活，但无法原谅伤害深雪的大业联盟侵略军，对进攻方士兵进行惨无人道的虐杀。并首次将质量爆散用于实战，团灭了前来增援的舰队群简乱。横滨反击战中，以大黑龙也特尉的身份活跃在战场上，频死的五十里和桐原被达也的重组能力救回，后使用质量爆散击沉部署在近海的敌方战舰。并以「第三只眼」对大亚联盟的对马要塞再次发动质量爆散，将整个要塞蒸发，“十三使徒”之一的刘云德不幸被波及战死。被黒羽贡视为本该封锁在四叶内部的罪孽结晶，甚至不愿借助达也任何的力量。二年级升入魔法工学科。九校战再次担任技术员成员期间，秘密潜入“越野障碍赛”场地，借用寄生人偶琵库希的能力捣毁九岛阵营与国防军的武器试验，让比赛顺利进行。
