人类防治疾病、保障健康的社会实践，在文明古国中已有几千年的历史。人们在长期的医疗实践中积累了丰富的经验，这些经验的系统总结便形成医学。
在医学领域中，先是科学观察和实验使人们开始对人体的结构和功能有了比较正确的认识，继而临床观察结合病人尸体解剖所见，又把对疾病的理解置于人体病理的基础上，从此医学进入科学化的时代。
在现代社会中，生活和工作的节奏不断加速，各种矛盾和压力给现代人带来越来越沉重的精神负配团荷。研究表明，很多疾病同适应不良性的行为有关，由此引发出一门眼界更宽广的新学科——行为医学。
20世纪中叶以来，生物医学的光辉成就吸引了社会的注意力。在医学教育中，生物医学占用了主要的学时，造成新一代医生对心理、行为和社会等方面的相对忽视和无知。临床训练过分专业技艺化，病人在医生的眼目中变得有若待修理的机器。在医院里，病人像在工厂传送带上的工件一样，在各科室间轮转。医生在诊断上一味依赖化验和特殊检查，在治疗上只在个人专业范围内考虑，治病不治人。
医学发展的理论基础，一直就奉直线型的因果关系为圭臬。人是因为得了“疾病”而生病，这个观念长久以来已成为主流医学的中心思想，事实上，虽然医学采取了许多科学的工具及法则，但并不像人们所认为的那样全部属于科学领域，不是每个医学行为都能够以纯科学方法去印证。现行的医疗模式常常依赖统计去做出决定，手术的成功率、治疗的愈后、药物的作用与副作用等，但医生在行医时所面对的每一个病患，却都是独特的个体生命，而不是所谓的“平均个人”，更不是一堆数字。实际上，每个人从体质到环境，从饮食到生活方式，没有完全一样的。遇上健康的问题，往往可能是不同表现的某类疾病，而不是不同表现的各种疾病，而所谓的“代谢综合征”的四种不同表现，背后所隐藏着的是饮食不当、营养失衡、慢性发炎、氧化伤害、环境毒素与个人压力等多种因素，这就是为什么了解致病的原因，比知道疾病的名字重要。现行医学不是以“人”而是以“病”为中心，忽视了“复杂理论”，亦无法面对“不确定原则”。
医学统计显示，随着社会富裕、公共卫生改善以及疫苗和抗感染药物不断涌现，感染性疾病比重大幅度地下降，而冠心病、癌症、中风和创伤等成为致死的主要原因。这些疾病和个人的生活方式有密切关系。例如高胆固醇饮食同动脉粥样硬化、吸烟同肺癌、饮酒同交通事故和暴力损伤之间都显示有高度相关。矫正这些行为就成为行为医学要着手解决的一个主题。
1974年，Alan Dever提出了慢性病流行病学的模式，发现影响民众健康的四项因素：包括生活型态(占48﹪)、生物遗传因素(占26﹪)、环境(占15﹪)及健康管理体系(占11﹪)。
现代医学的发展在传染病、急诊、疾病诊断等范畴确实有了长足性的进步，使得人类的平均寿命因此获得大幅的延长。然而对于慢性疾病及退化性疾病（即退化或称衰化）的治疗与预防却没能有更显著的进步。究其原由皆是因为：现代医学是“等待医学”——需要等待身体产生器质性病变，才能符合疾病的诊断标准，方可予以治疗；现代医学是“对抗医学”主张不同的疾病皆由不同细菌感染所造成。现代医学所主张的对抗疗法，的确成功挽救了无数人类的生命，并且，传染性疾病也从世界各国的十大死因名单中被去除。然而，药物虽能够杀死细菌，确无法支持人体细胞进行代谢和提供细胞修复所需的物质。
1975年，美国参议院成立“营养问题特别委员会”，集中全美国人类生物科学各种领域的精英共同彻底调查、探讨“营养与人类所必要的物质”，其研讨范围涵盖全世界的营养问题。而在美国参议院的调查报告中特别提到“细胞分子矫正医学（Ortho Molecular Medicine）”，引起全球医册卖肢学界的重视。其报告指出：现代慢性病其实就是细胞代谢异常的疾病，是起因于营养的代谢失衡。对于这种失衡，不能用应付细胞的方法治疗，因为它是身体质变引起的疾病。从前的营养问题主要是热量不足，现在的疾病问题则是完全在于营养不均或不良。而从前的医学完全忽视了膳食与疾病的关联。
“分子矫正医学”理论则是由美国著名量子化学家莱纳斯·卡尔·鲍林 （英文：Linus Carl Pauling），在1968年首次以“细胞分子矫正医学（Ortho Molecule）”为主题发表了慢性病治疗的新方向，他认为：给予身体正州世确的分子（即适量的氧、水及营养）大部分的疾病就会被根除。
所谓“分子矫正医学”，系以人类“身”与“心”的健康为总体营造主体，人类生物学各种相关科学，加以综合研究，以彻底了解构成人体细胞的“分子”状态、遗传基因及细胞活动，从而分析人体基本需求的四大物质元素：营养、心灵、氧气及水、了解彼此的互动及相辅相成关系，然后加以适当的组配、安排、充分的供给人类使用，使人体内拥有健全、恒常的生态链，促使细胞分子正常、代谢顺畅、血液组织与循环良好，潜在意识及情绪安定，因而形成自然治愈力。
运用该医学理论进行的治疗被称为“分子矫正疗法”。即预防细胞病变，要从改善细胞营养做起，也就是要作好营养分子的清除、调理和补充。
1992年在美国有高德曼及科莱兹博士创建了抗衰老医学学科，并建立美国抗衰老医学科学院对从业人员进行资质认证。这是健康医学的起源，功能医学为美国抗衰老医学科学院对通过资格认证的医生及健康临床从业人员开办的一门临床教程。功能医学在美国及其他地区并没有形成医学体系及培训认证。
鉴于分子矫正医学研究的是人体器官功能亦被称作器官功能性医学，简称功能医学。功能医学在中国的发展
由Genova Diagnostics (USA)、Metamertix Clinical Laboratory (USA)、瀚仕功能医学研究所(台湾)在中国极力推广功能医学，开展了大量前期临床及研究工作。
