整体而言，避孕套较为安全，危害和副作用较少，且使用简单方便、避孕效果较为直接，还能避免同房双方的皮肤黏膜直接接触，从而阻断大部分的性传播疾病，比如艾滋病。
但若是长期使用避孕套，或是避孕套质量不达标、使用不恰当，也可能带来损伤宫颈、造成妇科炎症这些危害。少数情况下可能会出现降低快感、过敏和避孕失败等副作用。
一、危害：
1、损伤宫颈：使用避孕套同房，可能增加摩擦力、阻力，增加同房时对女性宫颈的摩擦、损伤，可能导致同房出血等情况。
尽管人体黏膜有自我修复能力，但若损伤未修复好，短时间内又再次造成损伤，再加上阴道内酸性环境的改变，细菌滋生，容易造成阴道和宫颈的损伤；
2、造成妇科炎症：通常情况下，避孕套都会添加润滑剂，若是长期使用避孕套，这些矿物油留在阴道内不易分解、不易清洗，破坏阴道里的酸性环境，使得病菌更易滋生。这些细菌繁殖可能会引起局部感染，导致阴道炎、宫颈炎等妇科炎症。
二、副作用：
1、降低快感：部分人群认为避孕套的使用会使感觉迟钝，而且每次性生活都必须使用而感到麻烦。
如果使用无润滑作用的避孕套，可能会因为避孕套与阴茎间或避孕套与阴唇、阴道间的磨擦而感到不适，有时还会妨碍同房时双方性高潮的产生；
2、过敏：避孕套多采用天然乳胶制成，部分人群使用后可能出现过敏反应，比如女性外阴及阴道出现瘙痒及烧灼感，阴道黏膜充血、水肿、白带增多等。此时应改用其他避孕措施，停止性生活，必要时进行抗过敏的治疗。
另外也建议之后的性生活中尽可能使用其他品牌或材质的避孕套，选择生产规范、质量可靠的产品；
3、避孕失败：避孕套使用不当，比如避孕套被划破、存放不当、型号不合适、未全程戴套等，最终就可能导致避孕失败，带来意外怀孕的可能性。
除上述常见情况外，部分厂家可能会使用杀精剂壬苯醇醚来增加避孕套的润滑度，这类成分可以影响到精子活力，同时增加女性生殖道出现病毒感染的几率。
