万年县于明正德七年（公元1512年）设县治。 万年历史悠久，有着灿烂的远古文明。早在旧石器时代，人类的祖先就在这块土地上定居劳作、繁衍生息。经中美农业联合考古队多次发掘和采样研究，境内大源仙人洞、吊桶环遗址是当今所知世界上最早的栽培稻遗址之一，把世界稻作起源由7000年前推移到12000—14000年前。这一考古发现被评为中国二十世纪100项考古大发现之一。明正德七年（1512年），以余干县之万春乡置县，北有万年山，县因以名。 1984年，恢复青云镇、石镇（赣府厅字[1984]249号）。1985年4月18日，设立梨树坞、盘岭、马家、山家寨乡（赣府厅字[1985]230号）。 1991年6月5日，撤销梓埠乡，设立梓埠镇隐陪岩（赣民字[1991]93号批复）。1993年6月25日，中合乡驻地迁至湖云并更名为湖云乡（赣民字[1993]81号批复）。 1995年9月29日，撤销裴梅乡、大源乱稿乡，设立裴梅镇、大源镇（赣民字[1995]186号批复）。至此，全县辖6个镇、13个乡：陈营镇、梓埠镇、石镇、大源镇、青云镇、裴梅镇、湖云乡、大黄乡、珠田乡、齐埠乡、珠山乡、汪家乡、盘岭乡、马家乡、上坊乡、梨树坞乡、山家寨乡、苏桥乡、垱下乡。 2000年，根据第五次人口普查数据：全县总人口324922人，其中各乡镇人口（人）： 陈营镇 41929 石镇镇 23109 青云镇 20179 梓埠镇 38402 大源镇 11894 裴梅镇 12431 湖云乡 20486 齐埠乡 22046 大黄乡 15189 汪家乡 17810 珠山乡 15461 上坊乡 17908 苏桥乡 15762 当下乡 16054 梨树坞乡 8278 盘岭乡 5066 山家寨乡 6219 马家乡 3594 珠田乡 13105 2001年12月3日，撤销马家乡，划归陈营镇；撤销盘岭乡，划归大源镇；撤销山家寨乡，划归上坊乡（赣民字[2001]570号批复）。 2002年8月8日，垱下乡更名为南溪乡；梨树坞乡政府驻地迁至富林村，并更名为富林乡（赣民字[2002]179号批复）。 2003年10月21日，撤销富林乡，成建制划归裴梅镇管辖（赣民字[2003]273号批复）。2003年底，全县总人口36.1万人。 2004年底，全县辖6镇9乡：陈营镇、石镇镇、青云镇、梓埠镇、大源镇、裴梅镇、湖云乡、齐埠乡、大黄乡、汪家乡、珠山乡、上坊乡、苏桥乡、南溪乡、珠田乡。 陈营镇 2004年辖：新华社区、国泰社区、老街社区、建安社区、站前社区、公园社区、江泥社区、永安社区、文明社区、石李村、万民村、郊区村、邹坂村、马家村。 石镇镇 2004年辖：石镇社区、石镇村、中洲村、珏田村、坑村、射田村、罗湖村、周家村、朱砂村。 青云镇 2004年辖：青云镇社区、青云村、史桥村、乐华村、古阳村、姚源村、下湾村、西北村、八四村、南城村、荷塘村、东城村。 梓埠镇 辖：梓埠社区、周湾村、后张村、李家村、兰塘村、后塘村、河东村、联合村、燃湖村、白竹村、余芦村、共和村、渡港村、椒源村、五一村。 大源镇 辖：大源村、江田村、界福村、荷溪村、鲇山村、南坂村、石下村、山背村、严家村。 裴梅镇 辖：汪家村、裴家村、江源村、荷桥村、黄圳村、珠林村、彭家村、雅岗村、塘边村、富林村、洋泥村、龙港村、梨树坞分场、杨家分场、葛茅坞分场。 湖云乡 辖：西湾村、吾峰村、黄家村、欧村、栎山村、刘夏村、邱夏村、白马村、湖云村、标林村。 齐埠乡 辖：齐埠村、方家村、江家村、蛇湾村、上汪村、松竹村、塘背村、星明村、盘田村、黄坪村、汪厂村、左畲村、跳上村。 大黄乡 辖：大黄村、桐源村、双山村、汪李村、井路村、板舒村灶御、虎山村、袁家村、黄柏村。 汪家乡 辖：新华村、坑边村、李夏村、山下村、万和村、岩山村、新建村、昌港村、新乐村。 珠山乡 辖：珠山虎头岗社区、珠山村、聂家村、百源村、社里村、南岗村、永乐村、上坂村、石古村、乐民村、余源村。 上坊乡 辖：上坊村、黄营村、富厂村、细港村、夏营村、湾里村、高墩村、港边村、奎田村、程源村、万年峰村。 苏桥乡 辖：苏桥村、林店村、金川村、麻畲村、杨芳村、横溪村、射林村、畈民村、烧桥村、吴林村。 南溪乡 辖：南溪村、下门村、楼下村、虞坊村、夹罗村、道山村、岗上村、合田村、杨桥村。 珠田乡 辖：坪上村、工农村、库田村、越溪村、榜林村、三源村、珠田村、珠湾村、丰林村。 2006年1月20日，撤销珠山乡，成建制划归陈营镇管辖；撤销大黄乡，成建制划归石镇镇管辖；撤销南溪乡，成建制划归苏桥乡管辖（赣民字[2006]5号批复）。
