中科院12个分院排名为中国科学院北京分院、中国科学院沈阳分院、中国科学院长春分院、中国科学院上海分院、中国科学院南京分院、中国科学院武汉分院、中国科学院广州分院、中国科学院成都分院、中国科学院昆明分院、中国科学院西安分院、中国科学院兰州分院、中国科学院新疆分院。
1、中国科学院北京分院
中国科学院北京分院是中国科学院的派出机构，于2005年3月1日成立，与京区党委采用一个机构，两块牌子的形式合署办公，负责联系和管理中国科学院在北京、天津、山西的研究院所工作。
2、中国科学院沈阳分院
中国科学院沈阳分院是中国科学院的派出机构，负责联络和协调中国科学院在辽宁省和山东省的研究所。沈阳分院系统现有7个法人研究所：在辽宁省的大连化学物理研究所、金属研究所、沈阳应用生态研究所、沈阳自动化研究所，在山东省的海洋研究所、青岛生物能源与过程研究所、烟台海岸带研究所。
3、中国科学院长春分院
中国科学院长春分院是中国科学院的派出机构，负责联络和协调中国科学院在吉林省和黑龙江省的研究所工作。1978年5月，经中央批准恢复成立中国科学院长春分院。
4、中国搜山科学院上海分院
上海分院是中国科学院的派出机构，负责联系和管理中国科学院在上海、浙江、福建地区的研究院所工作。上海分院系统有13个国家重点实验室、39个中科院重点实验室，以及中科院上海教育基地、中科院上海国家技术转移中心、中科院上海交叉学科研究中心。
5、中国科学院南京分院
中国科学院南京分院是中国科学院的派出机构，负责联络和协调中国科学院在江苏地区的研究所，协助做好各单位领导干部队伍建设，指导属地研究所党建、纪检和监察工作，负责江苏、江西两省的院地合作和中科院院士联络。
6、中国科学院武汉分院
中国科学院武汉分院筹建于1956年，1958年7月正式成立。1961年与广州分院合并成立中国科学院中南分院，武汉分院调整为中国科学院中南分院武汉办事处，1970年该办事处撤销。1978年，经国务院批准恢复中国科学院武汉分院建制。
7、中国科学院广州分院
中科院广州分院于1956年筹建，1958年12月成立。1961年广州分院与武汉分院合并成立中南分院。1969年中南分院撤销。1978年5月恢复广州分院。
8、中国科学院成都分院
成都分院前身系1958年11月成立的中科院四川分院，1962年调整更名为中科院西南分院，1970年由中科院移交四川省管理，1978年1月恢复重建后衡伏使用现名，是西南地区综合性的科学研究基地、高级人才培养基地和高新技术产业化基地。
9、中国科学院昆明分院
中国科学院昆明分院前身是中国科学院成立于1957年的中国科学院昆明办事处，1958年扩建为中国科学院云南分院，1962年，中国科学院云南分院与四川分院、贵州分院合并，共同在成都成立中国科学院西南分院。1978年10月，经国务院批准，西南分院撤销，成立中国科学院昆明分院。
10、中国科学院西安分院
西安分院是中国科学院机关在西安的派出机构，负责联络和协调中国科学院在西安地区的西安光学精密机械研究所、中科院国家授时中心、地球环境研究所及共建单位水土保持与生态环境研究中心和秦岭国家植物园。
11、中国科学院兰州分院
兰州分院成立于1954年，是中国科学院在全国共12个分院之一，作为中科院机关的派出机构，负责联系在甘肃和青海的院属科研单位。包括：近代物理研究所、兰州化学物理研究所和西北生态环境资源研究院(2016年6月整合了寒区旱区环境与工程研究所、兰州油气资源研究中心、兰州文献情报中心以及西北高原生物研究所、青海盐湖研究所组建而成)。
12、中国科学院新疆分院世拦中
新疆分院成立于1957年7月30日，作为中国科学院在少数民族自治区设立的唯一一所分院，创立之初即定位为主要为新疆的经济、社会、科技发展服务。
