第六部第二章就写了斯内普的叛变,斯内普还和纳西莎订立了牢不可破的魔法誓约,发誓要保护德拉科马尔福。 然后邓布利多亲自去德思理家接哈利,并留给他小天狼星的遗产,包括克利切。哈利发现邓布利多的一只手废了。随后邓布利多和哈利一起去劝说前任胡春判的斯莱特林学院院长回来任教。 后来哈利回到陋居,和罗恩赫敏金妮过完剩下的暑假。哈利罗恩赫敏在对角巷时发现了鬼鬼祟祟的马尔福,哈利怀疑他已经成为了食死徒。 回到霍格沃茨,邓布利多宣布,斯内普成为新的黑魔法防御术教师,而前任院长斯拉格霍恩教授则成为新的魔药课教师。由于哈利没有魔药课课本,就意外的从斯拉格霍恩教授手里得到了写满混血王子笔记的旧课本。哈里从中学到了许多有用的咒语。森仔邓布利多还示意哈利定期到校长室加课,实际上是利用冥想盆告诉哈利伏地魔的过去和打败他的方法。 事实上,伏地魔不死的秘密是因为他已经把自己的灵魂分成了七份,本别存裤改放在七种不同的物品中,必须要把他们全部毁掉,才能彻底杀死伏地魔。这七样东西是:里德尔的日记(已经被哈利在二年级时毁了)、一枚戒指(被邓布利多以一只手的代价毁了)、赫奇帕奇的杯子、斯莱特林的吊坠、大蛇纳吉尼、伏地魔本身,和另外一件未知的东西。 哈利和罗恩无意中撞见了金妮和迪安接吻,罗恩一气之下与拉文德交往(为了气赫敏),哈利也觉得心里不舒服(她爱上了金妮)。后来金妮和迪安分手,哈利也在一次魁地奇比赛后吻了金妮,两人基本上确定了关系。罗恩也和赫敏言归于好,两人心照不宣。 在学期末,哈利和邓布利多一起外出去找寻伏地魔的其中一块灵魂碎片(吊坠),邓布利多喝了毒药,身受重伤(已经得到了吊坠),哈利把他带回了霍格沃茨,却发现霍格沃茨的塔楼上方出现了黑魔标记。 哈利和邓布利多骑扫帚上了塔楼,邓布利多却把穿着隐性衣的哈利定住。随后德拉科马尔福赶到,奉伏地魔的命令要杀邓布利多。说了一大堆废话却始终下不了手。事实上德拉科也不想被伏地魔控制,万劫不复,而是为了保护自己的家人。一大群食死徒赶到,逼德拉科下手,然后斯内普赶到,在邓布利多的请求下,用阿瓦达索命杀了邓布利多。 哈利气疯了,追杀斯内普,慌乱之中,斯内普承认自己就是混血王子。哈利打不过他,斯内普带着德拉科逃走。 哈利回去查看邓布利多的尸体,却发现好不容易得来的灵魂碎片是被人调包过的。 最后一章写了邓布利多的葬礼。比尔在战斗中被狼人毁容,却最终与芙蓉结婚。唐克斯和卢平也决定走到一起。而哈利却为了保护金妮的安全和她分手。 最后,同每本书一样,哈利坐火车回家,过他在德思理家的最后一次暑假(哈利快要成年了,终于可以离开了)。