本病是一种多器官损害的疾病，主要影响肝、脾和肾。潜伏期3～18天，临床主要表现为突起发病，有发热、剧烈头痛、肌肉关节酸痛，时而有腹痛，发病2～3天可出现恶心、呕吐、腹痛，腹泻黏液便或血便，腹泻可持续数天。病程4～5天进入极期，发热持续，出现意识变化，如谵妄、嗜睡。
此期出血常见，可有呕血、黑便、注射部位出血、鼻出血、咯血等，孕妇出现流产和产后大出血。病程6～7天可在躯干出现麻疹样斑丘疹并扩散至全身各部，数天后脱屑，以肩部、手心、脚掌多见。重症患者常因出血，肝、肾衰竭或严重的并发症死于病程第8～9天。
非重症患者，发病后2周逐渐恢复，大多数患者出现非对称性关节痛，可呈游走性，以累及大关节为主，部分患者出现肌痛、乏力、化脓性腮腺炎、听力丧失或耳鸣、眼结膜炎、单眼失明、葡萄膜炎等迟发损害。
另外，还可因病毒持续存在于精液中，引起睾丸炎、睾丸萎缩等。急性期并发症有心肌炎、肺炎等。
EHF暴发流行中有部分无症状感染者，血清存在EBOV IgG，无症状感染者在流行病学上的意义不大，其病毒水平低，感染后在短期内被机体有效的免疫应答清除，炎症反应可于2～3天内迅速消失，从而避免了发热和组织脏器的损伤。
病毒呈长短不一的线状体，直径70～90nm，长0.5～1400nm，内1含直径40nm的内螺旋壳体，大多呈分枝形。病毒基因组为单股负链RNA，约长19kb，能编码核蛋白及VP3
5、VP40、VP30、VP2
4、糖蛋白（GP）和RNA聚合酶等7个结构蛋白，其中GP基因对EBOV复制有独特的编码和转录功能。病毒在感染细胞的胞质中复制、装配，以芽生方式释放。然而该病毒复制的具体步骤尚不清楚。病毒外膜由脂蛋白组成，膜上有10nm长的呈刷状排列的突起，为病毒的糖蛋白。病毒可实验感染多种哺乳动物的细胞，在Vero-E6细胞中生长良好，且能出现致细胞病变作用。埃博拉病毒主要分为四个亚型：扎伊尔型（EBOV-Z），苏丹型（EBOV-S），科特迪瓦型（EBOV-C）及雷斯顿型（EBOV-R）。不同亚型的特性不同，其中扎伊尔型毒力最强，苏丹型次之，两者对人类和非人灵长类的致死率很高。雷斯顿型和科特迪瓦型对人的毒力较低，表现为亚临床感染，但对非人灵长类具有致命性。
病毒可通过与患者体液直接接触，或与患者皮肤、黏膜等接触而传染。
病毒潜伏期可达2至21天，但通常只有5至10天。
虽然猴子间的空气传染在实验室中已被证实，但并不能证明人与人之间能够透过空气传播病毒。美茵嘉护士是空气传染的可能病例，研究人员并不确定她是如何接触到病毒。
埃博拉病毒直至现在，埃博拉病毒的流行大都是因为医院的环境，糟糕的公共卫生、随处弃置的针头、缺乏负压病房都对医护人员造成极大威胁。因为较好的设备及卫生，在现代化的医院中，埃博拉病毒几乎不可能爆发大规模流行。
在疾病的早期阶段，埃博拉病毒可能不具有高度的传染性。在此期接触病人甚至可能不会受感染。随着疾病的进展，病人的因腹泻、呕吐和出血所排出的体液将具有高度的生物危险性。由于缺乏适当的医疗设备和卫生训练，疫情的大规模流行往往发生在那些没有现代化医院和训练有素的医务人员的贫困地区。
许多感染源存在的地区正好具有这些特征。
在这样的环境下，控制疾病的仅有措施是：禁止共享针头，在严格消毒情况下也不能重复使用针头；隔离病人；在任何情况下都要依照严格的规程，使用一次性口罩、手套、护目镜和防护服。
所有医护人员和访问工作者都应当严格执行这些措施。
严重病人需要进行强化的支持性治疗。病人往往会出现脱水，需要静脉或者口服补液进行电解质补充。目前并没有特异性的治疗方法。
有些病人在得到适当的医治后可康复。
由于没有针对埃博拉的特异性药物，最佳治疗方法就是由医院卫生工作者在严格的感染控制程序下，对病人提供强化支持性治疗。
根据推荐的防护措施可以控制进一步感染。
为便于控制病毒的进一步传播，疑似病例或确诊病例应当与其他病人隔离开来，并由采取了严格感染防护措施的卫生工作者对其进行治疗。
治疗首先是辅助性的，包括使病毒入侵最小化，平衡电解质，修复损失的血小板以便防止出血，保持血液中氧元素含量，以及对并发症的治疗。排除个别病例，埃博拉康复者的血清在治疗疾病中并没有什么作用。干扰素对埃博拉也是无效的。在猴子试验中，凝固干扰素似乎能起一些作用，使原本100%必死的感染猴中存活下33%。USAMRIID的科学家宣称，4只感染埃博拉病毒的猕猴中有3只康复。目前对埃博拉病毒病尚无特效治疗方法，一些抗病毒药如干扰素和利巴韦林无效，主要是支持和对症治疗，包括注意水、电解质平衡，控制出血；肾衰竭时进行透析治疗等。
