大肠杆菌质粒载体是应用最广泛的克隆载体，含有大肠杆菌源质粒的复制起始位点，能够在转化的大肠杆菌中按质粒复制的形式进行复制。pBR322是一种常用的典型质粒载体。pBR322由大肠杆菌源质粒emphasis：role=italicColemphasis：E1衍生的质粒pMB1作为出发质粒构建而成，含有emphasis：role=italicColemphasis：E1复制起始位点（Col-ori），能在大肠杆菌细胞中高拷贝复制。
pBR322具有四环素抗性基因（emphasis：role=italictetsuperscriptrsuperscriptemphasis）和氨苄青霉素抗性基因（emphasis：role=italicampsuperscriptrsuperscriptemphasis）两种抗性，作为筛选转化子的选择标记基因。在emphasis：role=italicampsuperscriptrsuperscriptemphasis基因区有限制性内切核酸酶emphasis：role=italicPstemphasisI、emphasis：role=italicScaemphasisI和emphasis：role=italicPvuemphasisI的识别序列，在emphasis：role=italictetsuperscriptrsuperscriptemphasis基因区有限制性内切核酸酶emphasis：role=italicBamemphasisHI、emphasis：role=italicSalemphasisI、emphasis：role=italicEcoemphasisRⅤ的识别序列，以及在emphasis：role=italictetsuperscriptrsuperscriptemphasis基因的启动调控区有emphasis：role=italicClaemphasisI和emphasis：role=italicHinemphasisdⅢ的识别序列。
并且这些限制性内切核酸酶在此质粒载体上只有一个识别序列，因此均可作为克隆外源DNA片段的克隆位点。pBB322分子大小为4363bp，虽然不是很小，但足以克隆10kb以下的外源DNA片段。此质粒载体主要用于基因克隆，此外也常常作为构建新克隆载体的骨架，或取其基本元件。为了便于外源DNA片段的克隆，在载体合适的位置组装一个多克隆位点（MCS）连杆，如常用的质粒载体pUC18和pUC19（link：xlinkrel="nofollow" href=i010502图4-4link）。pUC18和pUC19两者的差别只是多克隆位点上各种克隆位点的走向相反。
设计这样一对质粒载体，便于用两种限制性内切核酸酶酶切产生的一个DNA片段以正、反两个方向组入载体，保证DNA片段中基因的信息链与质粒载体信息链连接，进行有效的表达。
