Marvel在进入21世纪之际，启动了一个新的平行世界，即终极世界（Ultimate），代号租厅地球1610。所有标题中有“终极”字样的漫画都属于这个世界，其本意是从头开始讲述一批主流英雄的故事，吸引新读者。这些英雄一开场就被设定在了21世纪，其身世经历与正传既相似又不同，贴近当代人的生活。终极系列发展到后来，与主线的差别已经很大，当前的几部电影大量采用了该系列的设定。
在二战时代，史蒂夫.罗杰斯成为了美国队长，但在胜利前夕消失在海中；另一个被改造的黑人士兵Nick Fury活了几十年没有衰老，逐渐成为美国安全机构神盾的总指挥，他召集了一批科学人才试图再次创造超级士兵，结果，研究伽马射线的布鲁斯.班纳在自己身上做实验，成了难以自控的绿巨人，导致了同事帕克夫妇死亡（他们的儿子多年后成为蜘蛛侠）；汉克.皮姆开发了可以把物体变大变小的技术（巨化人），实际上是利用了他妻子珍——一个可变小并飞行的变种人黄蜂——的血样；富有的托尼.斯塔克从小就接受了父母的改造，身体覆盖着一种可再生人造神经组织，长大后则开发出了“钢铁侠”机甲。
终极战队第一辑中，美国政府决定成立超能力战队，此时神盾正好发现了冻在冰块里的美国队长，他苏醒后同意加入这个队伍，于是一支高度公开化的队伍终极战队（Ultimates）成立了。
弗里听说挪威有个自称Thor（雷神托尔）的超能力者，想拉他入队，但对方没有答应；班纳的恋人 贝蒂.罗斯是战队公关负责人，由于两人的感情问题，导致发怒的班纳变成绿巨人在纽约暴走，造成数百人死伤。终极战队勉强平息了混乱，托尔开始加入进来，虽然别人都不相信他是神。
美国队长在一个自己不理解的世界彷徨，和珍走得很近，而皮姆却虐待妻子，被赶出队伍，引发又一场乱局； 战队加入了四名新成员：没有超能力的特工鹰眼和黑寡妇，他们正奉命追杀一伙拟态成人类的外星侵略者齐塔瑞人（Chitauri）；变种人兄弟会出身的绯红女巫和快银姐弟脱离父亲万磁王后决心重新开始。Fury组织终极战队对拟态外星人发起了总攻，击溃了他们；美国队长也发现对方头目也是自己在二战中对付过的纳粹敌人，完成了当年的未竟之业。
终极战队在终极世界的其他连载（蜘蛛侠、神奇四侠、X战警）中出场，并参与了一些大事件，包括与X战警的“终极战争”、“终极六人组”中帮助蜘蛛侠对抗反派集团、“终极行星吞噬者”中协助神奇四侠应对毁灭星球的宇宙势力。与正史复仇者相比，终极战队受官方牵制更厉害，尼克·弗里也比正史中的更阴森。
终极战队第二辑中，故事变得越发严酷。绿巨人被认为无法掌控，于是弗里指挥战队把他与炸弹一起困在海中军舰上炸掉了；皮姆沦落到和一帮模仿英雄的门外汉“防卫者”合作，出尽洋相，而他的巨大化技术被神盾用于建立一支巨人小队；终极战队结识了欧洲各国开发的超级战士如英国队长等，建立弊激隐合铅姿作关系；北欧邪神洛基以人类的形态欺骗他们，表示托尔是使用科技装备（是事实）的凡人疯子（不是事实），于是终极战队逮捕了Thor。
此时正值美国出兵中东某国，美欧的众多超级战士被用于在该地的工作，东方几国在不安之下集合了本国的超级士兵，得到Loki的帮助，用计谋使终极战队分裂。黑寡妇作为他们的间谍，杀害了鹰眼的妻儿，嫁祸美国队长，又勾引钢铁侠，破坏他的装备；敌对国家组建的超能力军队进攻美国，造成大破坏。
终极战队重新集合并反击，连绿巨人也来助战，联军的超级士兵纷纷被击败，只剩下一个力量类似雷神的佩壬（Perun，斯拉夫神话中的雷神）选择了投降。洛基召唤了大批魔怪下凡作乱，而不断祷告的托尔已经恢复了神性，带着仙宫的英灵大军与终极战队一起击溃了魔军。从此世人才相信他确实是传说中的那个神。黑寡妇被钢铁侠擒获后，鹰眼亲手杀死了她。
美国队长年刊中，弗瑞把非洲国家瓦干达的一个王子（黑豹）强行招募到终极战队，美国队长设法放他回国，自己不时伪装成黑豹来打掩护。
“终极力量”事件中，另一个平行世界的英雄队伍“至高中队”（Squadron Supreme，是正史至高中队的另一个版本）认为他们的世界遭到终极世界的侵害，与终极世界几乎所有的主要英雄开战。最后他们发现主要罪魁是弗瑞，于是他被流放到至高中队世界，他的位置被卡罗尔·丹佛斯继承。而后至高中队世界的威力公主扎达则来到了终极世界。
终极战队第三辑中，战队从天盾总部搬到了史塔克提供的宅邸；托尔结识了一个憧憬超级英雄的凡人女孩，赋予了她一部分力量，代号女武神（Valkiria）；一股神秘势力把钢铁侠和黑寡妇的私情录像在网上传播，很快绯红女巫又被刺杀，来历不明的毒液袭击了宅邸，万磁王的兄弟会夺走了绯红女巫的尸体，终极战队追踪到蛮荒之地，同时发现自己遭到皮姆开发的机器人奥创暗算，后者试图用根据他们的DNA设计的机器人取代这些英雄。虽然奥创被打败，但无人发现幕后主使是毁灭博士。
终极通牒：万磁王在失去孩子后决心对人类发起总攻，通过逆转地球磁极引发巨大的自然灾害，许多英雄与平民一起死亡。纽约被洪水淹没，美国队长和女武神溺水，灵魂坠入海拉的地狱，托尔甘愿自己留在地狱，让两人还阳。皮姆目睹黄蜂侠死亡，自己在保卫天盾总部时与敌方人弹同归于尽；剩余的英雄聚集起来挑战万磁王，后者发觉变种人不是自然进化的下一阶段后，甘愿就死。这次事件期间，弗瑞回到了终极世界。
终极复仇者：弗瑞组建了一支叫“复仇者”的队伍，目的是处理一些不便公开的事件。成员除了从终极战队过来“兼职”的鹰眼，还有战争机器、红蜂、新任黑寡妇（亚裔）、一个克隆绿巨人、钢铁侠的哥哥格雷戈里·史塔克博士。第一次任务的目标是企图夺取宇宙立方的红骷髅，此人其实是美国队长当年留下的一个儿子，但极其疯狂，最后队长亲自杀了他；一个使用地狱能量的恶灵骑士向迫害过他的显贵复仇，弗瑞招募了暴力的惩罚者和第一个伽马能量变异者Tyrone Cash，但恶灵骑士全身而退；一群吸血鬼发动了大规模侵略，组建了感染者的大军，由被感染的克隆绿巨人领头，在夜间攻入神盾基地。刚受招募的佩壬很快被克隆绿巨人杀死，美国队长用佩壬锤子的瞬移功能把整个基地移动到地球另一面的伊朗，消灭了吸血鬼。
新终极战队：洛基再次出现，让防卫者的一群菜鸟获得了超能力，与终极战队为敌，自己也带着女巫阿莫拉魔鬼在纽约作乱，打败了黑豹和蛮荒之地的卡扎尔与山娜，又操纵卡罗尔·丹佛斯、扎达公主和女武神，打倒了美国队长、钢铁侠和鹰眼；在地狱中，托尔应海拉之请与她结合，使其怀孕以获得继承人；女武神反抗洛基而死，使托尔得以还阳，他的愤怒被洛基利用，造成周边的破坏，直到女武神被海拉收容到麾下，劝服了托尔。终极战队再次成立，仍然是比较公开的组织。
新终极战队vs终极复仇者：两支队伍都在追查超级士兵信息泄露事件，结果都被告知对方的队伍把情报出卖给外国，于是原本互不信任的双方一触即发。在混战中，惩罚者狙击美国队长，却被蜘蛛侠挡下了子弹（受伤的蜘蛛侠随后在与宿敌绿魔一伙的战斗中牺牲）。最后弗瑞发现是格雷戈里·史塔克博士在操纵一切，把超级士兵技术卖给某些国家的反对分子。格雷戈里被两支队伍合力打倒，弗瑞也重新登上神盾总司令之位。
终极漫画:终极战队：全球出现了许多异动，东南亚某国发生人造超人类引发的大乱，邪化的神奇四侠旧成员理查兹制造另一批超人类毁灭了北欧仙宫，钢铁侠遭到暗算……终极战队再次联合起来开始行动。虽然挫败里德，但他已经摧毁了华盛顿，导致美国陷入大乱，数个州脱离联邦独立。弗瑞再次失去神盾指挥官之位，遂去帮助变种人建立根据地；美国队长带着终极战队四处平乱，被推举为总统。
