最高是住持，以住持为一众之主，非高其位则其道不严，故尊为长老，居于方丈。住持、长老、方丈这三个称谓所指的是一样的。重要寺务由住持会同首座等班首与四堂口主事共议决定。
今日十方丛林所实行的，根据元代《敕修百丈清规》，更有增益调整。住持(方丈)为整个丛林的核心，住持之下有四大班首和八大执事辅佐。四大班首即首座、西堂、后堂和堂主，八大执事为监院、知客、僧职(又叫纠察)、维那、典座、寮元、衣钵、书记。丛林的执事，细分起来共有一百零八位。但这些不一定全部设置，而是随寺院的大小、僧人的多少或某种特殊情况灵活掌握，其名称也有差异。这些职事名称，以等级分司行局统称为知事人员(一级)、主事人员(二级)和头事人员(三级)。以承担的职责轻重又可分为列职与序职两部分。列职相当于职务，侧重按办事能力和工作需要列其职别；序职相当于职称，侧重按出家资历和修持功夫定其位次。列职和序职又可分为东序和西序。东序为主位，西序为宾位，故将直接为住持工作的丛林执事待以主礼，列于东序；将辅助住持工作的待以宾礼，列在西序。实际上，东序和西序的区别并不十分明显，仅仅成为一种形式。有人说这是为仿照宫廷中文武两班朝见圣上的威仪而设，可能也有些道理。十方丛林中，比较典型的是设四十八单执事，依东、西两序排列为：
列职
东序：都监、监院、副寺、库头、监收、庄主、磨头、寮元、殿主、钟头、鼓头、夜巡
西序：典座、贴案、饭头、菜头、水头、火头、茶头、行头、门头、园头、圊头、照客
序职
东序：维那、悦众、祖侍、烧香、记录、衣钵、汤药、侍者、清众、请客、行者、香灯
西序：座元、首座、西堂、后堂、堂主、书记、藏主、僧值、知藏、知客、参头、司水
十方丛林，一般有比较完备的组织和齐全的执事。近现代的丛林，基本设置五个部分，即禅堂、客堂、库房、大寮、衣钵寮，合称为“五大堂口”；其中后四者又称为“四堂口”。重要寺务由住持会同首座等班首与四堂口主事共议决定。此外，尚有首座寮以款待上座名宿，有侍者寮以待初学新参，有行者寮以处务行者和童行，有众寮(云水堂)以接待过往僧众。基毁又有蒙堂以待知事、僧值以上退职人员，有单寮以待副寺以下退职人员，有延寿堂以待老、病僧人，有庄田以供禅众从事生产。各堂又各立规约以资遵守约束。
十方丛林的规模较大，财产为僧团公有。僧人们不准招收弟子，故其住僧来自四面八方合住一起。十方丛林具有开堂传戒的资格，一般都定期传戒，为子孙丛林的求戒者传授戒法。十方丛林依据方丈的产生办法可分为选贤丛林、戒眷丛林和法眷丛林。选贤丛林的方丈是寺僧经过民主协商，从广大僧人中推举的德高望众者；戒眷丛林的方丈，也是从僧人中推举的德高望众者，但其必须是在本丛林中受的戒；法眷丛林的方丈，是由原方丈在《寺院法眷》上载明的几位嗣法弟子依次担任。十方丛林的住持，一般是六年一任，但可以连任，也有实行终身制的。住持退位后称为“退院和尚”。
十方丛林可以接待各地云游参学的僧人，叫作“挂单”或“挂褡”。“单”指僧人的行李，挂单是将行李安放起来，暂不他往的意思。僧人挂单于十方丛林，首先住在云水堂。云水堂住相当长时期后，以本人要求和住持同意，可以住进禅堂或念佛堂，成为寺中的基本僧众。住云水堂可以随时他往；住禅堂或念佛堂后，如果要离寺他往，只能在每年正月十五日或七月十五日提出申请告假。禅堂或念佛堂的僧众名额是有一定限额的。
关于丛林制度详见于《百丈清规》和它的注书《百丈清规证义记》等。至于丛林中行事和古德风规，则有道融《丛林盛事》、慧彬《丛林公论》、慧洪《搏带备林间录》、净善《禅林宝训》、无愠《山庵杂录》等，可资参考。
