如下：
一是定位不同。
国家实验室悉乱是以国家现代化建设和社会发展的重大需求为导向，开展基础研究、竞争前沿高技术研究和社会公益研究，积极承担国家重大科研任务的国家级科研机构。根据国家重大战略需求，在新兴前沿交叉领域和具有我国特色和优势的领域，依托国家科研院所和研究型大学，建设若干队伍强、水平高、学科综合交叉的国家实验室。
国家实验室是国家战略科技力量的核心和重要载体，是探索新型举国体制的重要内容，是集中国家科研优势力量进行协同攻关的综合集成科研平台。国家实验室在本学科领域代表国家最高水平，实验仪器设备先进，科研方向广，基本包括本学科领域所有研究方向。
国家重点实验室作为国家科技创新体系的重要组成部分，是国家组织高水平基础研究和应用基础研究、聚集和培养优秀科技人才、开展高水平学术交流、科研装备先进的重要基地。国家重点实验室是由依托单位申请，国家相关部门遴选评定，评上后以后可以从国家主管部门得到相应资助，全国有数百个，而且研究方向比较单一。
二是任务不同。
科技部等三部门印发的《国家科技创新基地优化整合方案》中则将国家实验室定位为“体现国家意志、实现国家使命、代表国家水平的战略科技力量，是面向国际科技竞争的创新基础平台，是保障国家安全的核心支撑，是突破型、引领型、平台型一体化的大型综合性研究基地”。
国家实验室要按照“四个面向”的要求，紧跟世界科技发展大势，适应我国发展对科技发展提出的使命任务，多出战略性、关键性重大科技成果。
国家重点实验室的主要任务是针对某学科发展前沿和国民经济、社会发展及国家安全的重要科技领域和方向，开展创新性研究。国家睁槐档重点实验室应在科学前沿探索研究中取得具有国际影响的系统性原创成果。
或在解决国家经济社会发展面临的重大科技问题中具有创新思想与方法，实现相关重要基明毁础原理的创新、关键技术突破或集成；或积累基本科学数据，为相关领域科学研究提供支撑，为国家宏观决策提供科学依据。
三是管理不同。
国家实验室依托一级法人单位建设，是具有相对独立的人事权、财务权的科研实体。国家实验室运行与研究经费以国家投入为主。实行实验室主任负责制，以围绕重大科技问题组成的若干科学研究单元和公共技术支撑平台为基本组织结构。
实行国际接轨的学术管理制度，以竞争和流动为核心的人事管理制度及科学合理的分配激励制度。实行岗位聘任制和任期制。国家实验室坚持高标准、高水平，体现引领性、唯一性和不可替代性，成熟一个，启动一个”的建设标准，在筹建授牌方面相当谨慎。目前运行和筹建的国家实验室总数不超过20个。
国家重点实验室实行分级分类管理制度，坚持稳定支持、动态调整和定期评估。重点实验室是依托大学和科研院所建设的科研实体，实行人财物相对独立的管理机制和“开放、流动、联合、竞争”运行机制。
中央财政设立了支持重点实验室的开放运行、科研仪器设备更新和自主创新研究专项经费，用于补助国家重点实验室运行。国家重点实验室计划总量保持在700个左右。其中，学科国家重点实验室保持在300个左右，企业国家重点实验室保持在270个左右，省部共建国家重点实验室保持在70个左右。
