阿笠博士是黑衣人的真正的首脑，就是一直隐藏在他们身边的阿笠博士DOC。LEE。 事情是这样的，工藤优作原先就怀疑并且侦察黑衣组织。以小说家的身份顷携为掩护，秘密调查。发现一些线索后特意搬到黑衣组织首脑阿笠家的隔壁住，并且从小培养新一，并派新一和阿笠混熟想借此侦察一些情报。当阿笠开始怀疑工藤父子的时候，想出一条毒计，他派GIN和沃克跟踪出去约会的小兰和新一，大家都看过第一集，其实交易是幌子，真正的目的是跟踪，于是新一也就被他们变成了柯南。之后，阿笠顺理成章地成为了新一的同伴与监护人，并且柯南实际上成了阿笠手中的人质，当时新一的父母第一次出现的那一集，实际是和阿笠谈判的，最终的结果是阿笠以柯南要挟他们两个人流放到瑞士。而优作因为不能和新一说明真相，从而让新一感到受骗，受到伤害。只能同意阿笠的要求，不再回日本，所以你们看优作只有103集的时候回过日本，还是变装的，不能让阿笠发现。 其实APTX-4689就是阿笠和灰原哀的父母联合开发的，而成功后哀的父母意外身亡。阿笠留着柯南不死只不过想观察药品还有没有其他的副作用。但是突然有一天，优作和有纪子突然潜回日本，和柯南（103-104集）秘密接触，让他感受到了威胁，于是安排一个间谍时刻跟随在柯南的身边，那就是灰原哀。哀其实是APTX-4689的第一个实验品，本来药的目的是永葆青春，没想到竟然适得其反产生副作用，造成了身体变小。而柯南事件发生后，哀就成了在柯南身边卧底的最好人选。为什么柯南从来没有被骚扰过就是因为柯南其实一直在黑衣组织最厉害的老大的监视下。毛利小五郎也是因为追查阿笠才从警界退出的，当时枪击非英里事件只是借口，所以后来暮木说毛利总是把他们引向歧途。 青山刚昌已经给大家提示了，不过因为太晦涩所以没几个人看得出来。其实阿笠这两个字，如果拆解成阿竹立用日文反过来拼写就是拉丁 文里面的莫里亚帝。所以阿笠博士其实应该叫莫里亚帝教授--福尔摩斯里的罪恶的教授。①早在178集，就有了证据浮出水面。他们对灰原的行动了如指掌这点也叫我奇怪，他们似乎非常确定灰原一定会到追思会场，一般人光看头发谁会知道那是谁啊。”但是，如果博士真的是BOSS，这就不奇怪了。在那一段时间柯南和阿笠博士是不在一起的，博士干了什么柯南也不会知道。BOSS和柯南、灰原在去追思会现场之前一直在一起，柯南的安排他也都知道，这样，不就能做到“对灰原的行动了如指掌”了。另外，柯南他们与黑暗组织对抗的一系列里面，无论是176-179集、309-311集、345集，还是425集都有出现，而且对柯南他们的行动掌握的清清楚楚。但是在“红与黑的碰撞”系列中，出现次数相对太少了些，如果说这是因为他在部署什么事（救出水无怜奈),这也不是没可能的。 ②阿笠这两个字，如果拆解成阿竹立用日文反过来拼写就是拉丁 文里面的莫里亚蒂。所以阿笠博士其实应该叫莫里亚帝教授——那是柯南道尔笔下福尔摩斯势均力敌的对手，被称为“罪犯中的天才”。雀敏伏罪犯中的天才，说的不正是庞大的黑暗组织的BOSS么？ ③在178集中间，博士和柯南在车上，博士意示柯南往前面看，只见Gin和Vodka从车上下来，博士从来没看过Gin和Vodka，怎么就知道那就是黑衣组织的人呢？这点就很可疑。 ④394集前面，博士主动问柯南：“新一，那拿渗是怎么回事？”（柯南正在摆弄手机按键按出《七个孩子》的几个音符，那几个音符是BOSS的邮箱地址的一部分），然后又说：“对了，是歌曲七个孩子。是七个孩子吧，这我知道啊。”然后唱出了前一句歌词：“乌鸦啊，为什么歌唱。”接着说："以前在放学的路上常常都唱这首歌。”并且表现出对歌曲很喜爱的样子，还干笑着。这一点让人起疑（BOSS一定会对这首歌有着特殊的感觉啦）柯南肯定了那几个音符是邮箱地址后，博士及其不自然的笑着说：“怎么可能嘛。”而且，他似乎很怕柯南给邮箱发邮件过去似的。另外，早在第一集，柯南向博士解释自己就是工藤新一时，博士听了立刻在柯南之前郑重其事的告诉新一要隐瞒身份，大大咧咧的博士会那么小心谨慎，生怕新一会抖出组织来，这也有些可疑。 ⑤在剧场版《通往天国的倒计时》中，有一个测试人未来长相的机器。步美使用机器后，机器中出来的照片上她都有较为明显的变化，然而博士却没什么变化。这意味着什么呢？请联想一下朱蒂问贝尔摩德：“你为什么不会老？”十年后，如果也有人问博士：“你为什么不会老？”两者相联系，就更支持猜想了。（或许贝尔摩德与博士都服用过某种药物，或许就是APTX4869。 ⑥芙纱绘是博士的初恋情人。有人说芙纱绘与贝尔摩德有几分神似。而贝尔摩德又是BOSS钟爱的人。会不会有什么联系呢？ ⑦博士是没有固定职业的，只是一个疯狂的科学家。这也符合BOSS的特征。而且博士没有固定职业，他哪里有那么多钱搞科学发明呢？除非他有其他方法... ⑧博士似乎没有家人。这是为什么呢？如果博士真是BOSS，不结婚不和家人在一起就是很正常的了。 ⑨众所周知，青山刚昌是个喜欢联系各国文化的人（比如他喜欢凑字拆字，用别国语言读某一个字），而“博士”在中文中的读音，不正是"BOSS"的谐音？ ⑩在311集中，本来是伏特加要和板仓交易的，然后是他的手下在周围埋伏。从琴酒拿着枪对着伏特加问话的对话来看，这个任务应该是没有琴酒什么事的，但是他为什么却出现了呢？ 原因只有一个。假定博士就是BOSS，博士趁把警察叫来前给他打电话通知的，而且可能还是这样说的，新一那个小孩去了伏特加那，把证据消掉，留着他的命。而且肯定也有告诉他，柯南的麻醉针用过了，可以放心过去。所以在问到都有谁进到过通道时，一说到小孩琴酒就知道了。而这个最高机密，伏特加肯定是不知道的，所以傻呼呼的扔了烟头，摘手套撕胶带留指纹，然后琴酒过来阻止，但又不能把事情说太透。 而当他们检查到柜子时，琴酒只拉了两个，最后藏着柯南的柜子只开了个缝，只是想吓他一下，以后别再跟踪他们的行踪了，不然会死的很惨，下次就没有博士罩着了。而且像琴酒这么高智商的人，一切皆有可能的地方都会查个彻底的，就算每一个柜子打开我也不奇怪。所以这是留住活口的证明。 11、博士在剧场版《 绀碧之棺》中只给了柯南两支氧气管，是不是他预料到柯南会把它们给小兰和园子，不给自己留一支，博士不应该只带了两只吧？ 12、在剧场版《漆黑的追踪者》中，博士已经知道了某人（松本警官）在甲壳虫上贴V行胶带是表达“help”的意思，为什么却无动于衷呢，在侦探团快找到松本警官时还说太晚了先回家，好像有阻挠的意思啊。 13、在剧场版《侦探们的镇魂歌》中，博士给柯南的滑板增强了马力，但似乎太强了（柯南自己也说过这一点），是不是故意的啊，在后来柯南逃跑时也似乎因为不适应而被击中滑板掉入河中。 14、在剧场版《 通往天国的倒计时》中，博士竟然没有阻止柯南和小哀预测十年后的长相，若真的预测出来不是太危险了吗？
