1.叉耳朵皮丘
此剧情请携带09年剧场版预约卷兑换的闪光皮丘触发。
携带闪光皮丘并放在队伍的第一位至ウバメのもり桐树林的神社处调查神社，叉耳朵皮丘就会从里面出来，并且和闪光皮丘成为好朋友，加入你的队伍一起旅行，前提是你身上有一个空位，没有的话也可以触发剧情，可以以后再去拿。另外还可以听到看守桐树林的老人讲一些有关拥有穿越时间能力的精灵传说。
2.炎帝&雷皇剧情到圆珠市解开烧焦塔的封印后，就可以在城都地区随机遇到它们了，40级，和以前一样还是见面就跑。
3.水君
同炎帝和雷皇不同，水君在解开封印后会按顺序固定出现在以下地方，每次见到后都会触发事件逃跑，在最后的地方才会和你战斗，40级。因为前3次推剧情肯定会遇到，所以这里就只给出最后2次地点的截图了。
第一次：タンバシティ湛蓝市上面的海滩。
第二次：42号道路中段靠下。
第三次：枯叶市，出港的时候在岸边。
第四次：14号道路右侧水中，有一堆风力发电机那附近。
最后一次：25号道路正辉家边上。
4.三大空间神兽的诞生
此剧情请携带09年剧场版赠送的阿尔塞罗斯（720）并在升级完全国图鉴后触发
携带阿尔塞罗斯到アルフのいせき阿鲁夫遗迹的一所民家，可以触发剧情。考古学家会带着主角和草泥马一起进入遗迹，就在考古学家研究壁画的时候，主角被传送到了一起怪的空间。出门一看居然来到了城都地区最北方的シントいせき新都遗迹，进入登山者小屋的门一看居然是新奥地区的冠军白菜姐姐，跟着白菜姐姐回遗迹，白菜姐姐说想举行仪式只能携带草泥马一只精灵，回去小屋把其他精灵存起来再回去。仪式只能诞生一只空间神兽，白菜姐姐会让你选择是右下法阵的帕路基亚或者左下法阵的迪亚路加或者上方法阵的奇拉蒂娜，精彩的剧情动画之后就可以得到你选择的空间神兽了，只有1级。剧情结束后自动传回阿鲁夫遗迹。
5.水都兄妹此剧情需要在关东地区触发
剧情进行到给山吹市的小妹妹找车票时，从最喜欢口袋妖怪俱乐部要了娃娃出门时会遇到方缘地区的冠军大吾，他会给主角看水都的照片，金心为红水都，银魂为蓝水都，并告诉主角水都目前正出没在关东地区。这之后水都就在关东地区随地乱跑了，35级，见面就跑。
