一、属性不同
木薯淀粉是天然产品，属食品原料；
木薯变性淀粉属食品添加剂，从粘度、耐高温、耐酸性等多种方面都进行了优化。是经过物理及通过添加试剂在浆状橘碧下化学反应，结合了新的功能团进去变成了比木薯淀粉功能性更强的变性淀粉，
二、储藏稳定不同
相较原淀粉而言，木薯变性淀粉在常温及低温储藏过程中更不易凝沉。
木薯淀粉在贮藏过程中会通过氢键相互作用发生分子内或分子间的重排结晶，从而导致液体食品的析水分层，体系浑浊，降低食品的口感，还会导致固体食品质构硬化如米饭的硬化、面包的老化等。
而木薯变性淀粉在分子上引入亲水性的基团，通过空间位阻、分子排斥力和亲水蠢亮能力，抑制淀粉的凝沉，提高储藏稳定性。
三、功能作用不同
木薯淀粉呈白色，没有气味，适用于需精调气味的产品，例如食品和化妆品等。
木薯淀粉无味道、无余味(例如玉米)，因此较之普通淀粉更适合于需精调味道的产品，例如布丁、蛋糕和馅心西饼馅等。
木薯淀粉蒸煮后形成的浆糊清澈透明，适合于用色素调色。这一特性对木薯淀粉用于高档纸张的施胶也很重要。
由于木薯原淀粉中支链淀粉与直链淀粉的比率高达80:20，因此具有很高的尖峰粘度。这一特点适合于很多用途。同时，木薯淀粉也可通过改性消除粘性产生疏 松结构，这在许多食品加工中相当重要。
木薯原淀粉浆糊表现出相对低的带伍宽逆转性，因而在冷冻解冻循环中可防止水份丢失。这一特性还可通过改性进一步增强。
变性淀粉应用于造纸工业可改善纸张质量、提高生产率和纸浆利用率。阳离子淀粉用于絮凝纸浆、提高湿部脱水效率，其结果是可以采用更高的纸机速度并得到更高的纸浆利用率。保留在成品纸张上的淀粉作为内部施胶剂可增加纸张强度。
低粘度淀粉，例如氧化淀粉，可用作表面施胶剂以提高纸张强度并改善印刷和书写时的吸墨性。变性淀粉也在颜料涂布中用作粘合剂以生产光滑、洁白的高档纸张。
