1、南京早在100-120万年前就有古人类活动 ，汤山旧石器时代文化遗址出土的南京猿人化石是中国考古领域具有世界意义的重大发现。
2、约7000-8000年前，出现以北阴阳营文化为代表的新石器时代原始村落，今栖霞地区已有农业文明产生。 在市中心的鼓楼岗北阴阳营、江宁区陶吴乡咎庙等地，发现200多处6000多年前新石器时代的遗址。4000年前，秦淮河流域出现了密集的原始聚落，被称为湖熟文化，在这些聚落的基础上形成了南京地区最早的城邑。
3、3100年前，南京是西周周章的封地。公元前571年，楚国在六合已设有棠邑，置棠邑大夫，这是南京有历史记载的最早的地方建置，也是南京建城的开始。公元前541年，吴国在高淳建濑渚邑，因城池坚固，又名固城。公元前495年前后，吴国在朝天宫一带筑冶城。公元前473年，越灭吴，于中华门外的长干里筑越城。公元前333年，楚灭越，楚威王熊商欲借南京的长江天堑为屏障以图谋天下，于石头城筑金陵邑，金陵之名源于此。
4、229年，孙权在此建都，南京从此崛起。 此后，东晋、南朝的宋、齐、梁、陈相继在此建都，故南京有“六朝古都”之称。
5、北宋政治家王安石曾3次以宰相之位担任江宁知府，并定居、终老于此。1129年改称建康府，作为行都，为江南东路首府。1138年定建康为留都。南宋名将岳飞曾在南京牛首山一带大败金兵，并有抗金故垒遗存。
6、元代，南京成为监临东南诸省、统领东南各道的江南行御史台驻地，掌管江浙、江西、湖广三行省十道的监察事务。
7、1356年朱元璋攻占南京，改为应天府。1368年明朝建立，以南京为京师，明初人口逾70万，是当时中国规模最大、人口最多的城市，也是全世界最大的城市，历时27年建造的南京明城墙，是世界第一大城垣。
8、1402年，朱棣发动靖难之役夺建文帝帝位，在南京称帝。1421年，朱棣迁都北京，将南京改为留都，设南京六部等机构，行双京制，应天府（南京）和顺天府（北京）合称二京府。
9、明代中叶，南京城人口达120万，成为世界上最大的首都。万历年间，西方传教士利玛窦游历中国后，在《利玛窦评传》中写道：“目睹南京这座大城，未免眼花缭乱…明代的南京城极其雄伟壮观，堪与十六世纪的欧洲任何最大的首都相比拟。本朝开国皇帝洪武把它造成奇迹，东方所能见到的一切都无法望其项背。”
10、1645年清军攻陷南京后遂即废除国都地位，改应天府为江宁府，定为江南省省府，成为统辖江苏（含上海）、安徽和江西三省军民政务的两江总督都署驻地。康熙、雍正年间在南京设立的规模庞大的江宁织造府，生产丝织品以供应皇家需求，南京丝织业规模在全国居首。
11、1842年鸦片战争后，清政府在南京下关江面的英国军舰上签订中国近代史上第一个不平等条约《南京条约》，中国近代史由此开始。1853年太平军攻克南京，建立太平天国，改称天京，建都11年。
12、1911年12月29日，各省代表在南京选举孙中山为临时大总统，中华民国建立。1912年元旦，中华民国临时政府在南京成立。1927年国民政府定南京为首都，析原南京城外郭以内和江浦县浦口镇始置南京市。1928年改为南京特别市。1930年改称南京直辖市，又称“首都市”。1927至1937年定都南京的这十年被称作中国的黄金十年，期间南京进行大规模的首都建设，奠定了南京现代城市发展的良好基础。到1936年，南京城市人口增加到100万以上，为中国六大城市之一。1937年12月13日，南京沦陷，日军在南京及附近地区进行长达40多天的大规模屠杀，史称南京大屠杀。1945年9月9日9时，南京中央陆军军官学校大礼堂举行第二次世界大战中国战区受降仪式，日本宣布无条件投降。1946年5月，国民政府还都南京。
13、1949年由中华人民共和国中央人民政府直辖。1952年改江苏省辖市。1957年常州专区所属江宁县和扬州专区所属江浦、六合县划入。1983年原镇江地区的高淳、溧水县划入。1994年2月，中央明确南京行政级别为副省级。2000年江宁县撤县设区。2002年撤并浦口区、江浦县，设浦口区；撤并大厂区、六合县，设六合区。2013年撤并秦淮、白下区，设秦淮区；撤并鼓楼、下关区，设鼓楼区；溧水、高淳县撤县，设溧水区、高淳区。
