肾结核治疗时应注意全身治疗，包括营养、休息、环境、避免劳累等。
另外，肾结核的治疗应根据病人全身和病肾情况，选择药物治疗或手术治疗。
如健侧输尿管口或输尿管下段结核性狭窄或反流，则可致健肾积水，最终导致肾功能衰竭而死亡。
泌尿系结核应以药物治疗为主，抗结核药物不仅使早期肾结核病变获得痊愈，还可使一些患者缩小了手术治疗范围。肾结核的治疗应全面考虑肾脏病变损害和患者全身情况，选择合适的治疗方案。
一、药物治疗
1、异烟肼：对结核杆菌有较强的抑制和杀灭作用，能杀灭细胞内外生长旺盛的结核杆菌，对生长缓慢和间歇繁殖的细菌效果较差。特点为疗效好、用量少，口服吸收好、毒性低，主要副作用为周围神经炎和肝炎。异烟肼的结构与维生素B6相似，可使体内维生素B6贮存减少。神经炎的发生与药物剂量有关，长期应用异烟肼时应同时服用维生素B6。
肝炎常见于老年人及乙酰化低患者，长期服用异烟肼可使血清转氨酶升高，应定期检查肝功能，如转氨酶明显升高应停药，停药后转氨酶一般可恢复正常。
2、利福平：对繁殖期结核杆菌作用最强，对静止期结核杆菌亦有杀灭作用，但所需浓度较大。
利福平还能穿透细胞膜进入巨噬细胞，对其中的结核杆菌有杀伤作用，是全效杀菌药。
副作用较轻，主要为肝脏毒性、消化道反应及皮肤症候群等。肝毒性主要表现为转氨酶升高、肝脏肿大和黄疸。早期无症状性转氨酶升高一般可自行恢复正常，而无需停药。应当指出，原有慢性肝炎、酒精性肝病和老年患者更易于出现肝毒性；利福平与异烟肼合用后肝功能异常者增多，应密切观察。消化道症状常见者为恶心、呕吐、厌食、腹痛，但一般不影响继续用药。
皮肤症候群多发生在用药早期，于服药后2~3小时出现，以面部最为常见，皮肤红、痒，眼部发红，若持续发作可行脱敏治疗。
3、乙胺丁醇：早期认为乙胺丁醇为抑菌药，近期发现其有杀菌作用，在中性环境下作用最强。
与其他抗结核药无交叉耐药性，临床上可用于对链霉素或异烟肼产生耐药性的患者，与利福平和异烟肼合用可增强疗效并延缓耐药性产生。
口服常量不良反应较少，且轻微。最主要为视神经毒性，表现为视觉敏度减退及色觉丧失，多在用药后2~6个月内出现，发生率与剂量有关。
视觉功能改变一般可不停药，一旦出现神经炎则需停药，并予大剂量维生素B1，烟酰胺及其他血管药物。
4、吡嗪酰胺：对牛型结核杆菌及非典型结核杆菌一般无抗菌作用，但对人型结核菌有抑制和杀灭作用，酸性环境有利于其发挥作用。巨噬细胞内pH值低，细菌生长缓慢，其他抗结核药难以杀灭结核菌，是结核病复发的根源，但吡嗪酰胺可对巨噬细胞内酸性环境中的结核杆菌具有特殊的杀灭作用。单独用药易产生耐药性，需与异烟肼或利福平合用。主要副作用为肝损害，但每天用量低于2g时肝毒性少见。
治疗期中应定期检查肝功能，发现肝大、肝区痛、转氨酶升高应停药观察，一般可逐渐恢复正常，损害较严重者需及早应用肾上腺皮质激素。
此外，吡嗪酰胺的代谢产物可与尿酸竞争而抑制后者的排泄，可使体内尿酸积聚，引起关节疼痛。
二、手术治疗
凡药物治疗6~9个月无效，肾结核破坏严重者，应在药物治疗的配合下行手术治疗，肾切除前抗结核治疗不应少于两周。
1、肾切除术：肾结核破坏严重，而对侧肾正常，应切除患肾。
双侧肾结核一侧广泛破坏呈“无功能”状态，另一侧病变较轻，在抗结核药物治疗一段时间后，择期切除严重的一侧患肾。
肾结核对侧肾积水，如果积水肾功能代偿不良，应先引流肾积水，保护肾功能，待肾功能好转后再切除无功能的患肾。
2、保留肾组织的肾结核手术：
（1）肾部分切除术：适用于病灶局限于肾的一极。
（2）结核病灶清除术：适用于局限于肾实质表面闭合性的结核性脓肿，与肾集合系统不相通。
（3）解除输尿管狭窄的手术：输尿管结核病变致使管腔狭窄引起肾积水，如肾结核病变较轻，功能良好，狭窄较局限，狭窄位于中上段者，可以切除狭窄段，行输尿管对端吻合术；
狭窄靠近膀胱者，则施行狭窄段切除，输尿管膀胱吻合术，放置双J形输尿管支架引流管，术后1~2个月拔除。
（4）挛缩膀胱的手术治疗：肾结核并发膀胱挛缩，在患肾切除及抗结核治疗3~6个月，待膀胱结核完全愈合后，对侧肾正常、无结核性尿道狭窄的病人，可行膀胱扩大术。
