公元317年，晋愍帝被杀，琅邪王司马睿于建康称帝，是为晋元帝，东晋王朝建立。琅邪王氏家族的王敦、王导对司马睿即帝位起了关键性作用：司马睿初到建康时，南方世家大族看不起他，后来看到北方世家大族王导、王敦对司马睿的拥戴，南方世家大族顾荣、贺循在王导劝说下应命而出，才改变态度。故司马睿称帝时，硬是要王导“升御床共坐”，时人有 “王与马共天下”之说。司马睿即位后，拜王导为侍中、司空，假节，录尚书；王敦为侍中、大将军，都督江、扬、湘、交、广六州诸军事，荆州刺史，坐镇上游。后司马睿逐渐任用刁协，刘隗，以疏远王导。东晋初年，祖逖联系黄河南岸坞堡主共同抗御石勒，黄河以南曾尽为晋土。但是由于东晋朝廷无心北伐，收复的领土旋即沦陷。公元321年，祖逖在雍丘发病而死。321年，元帝以戴渊为征西将军，都督司、究、豫、并、冀、雍六州诸军事碧虚态，司州刺史，镇合肥。以刘隗为镇北将军，都督青、徐、幽、平四州诸军事、青州刺史，镇淮阴。各领兵万人，名为防御石勒，实为防御王敦。322年，王敦以讨刘隗、刁协为名，起兵武昌，其部参军沈充也在吴兴起兵响应。王敦和沈充，以东西两路夹攻建康。这次战争，王敦打胜了。军队进入建康，诛杀大臣多人。刘隗出逃过江，投奔石勒。刁协在出逃途中被杀。322年悔源冬，晋元帝忧愤而死，太子晋明帝司马绍继位，王导受遗诏辅政。元帝在位时，喜爱琅邪王裒，欲易太子。赖王导的保护才作罢，故明帝即位后对他非常信任。324五月，王敦病危，矫诏任命王应为武卫将军以自副，誉芦以王含为骠骑大将军。六月，明帝诏以王导为大都督、领扬州刺史，温峤都督东安北部诸军事，与卞敦守石头城，应詹、郗鉴、庾亮、卞壶、苏峻、刘遐等共讨王敦。王敦闻之，以诛温峤为名，派王含、钱风、邓岳、周抚等率军直攻京师。七月，王含率水陆五万至江宁南岸，温峤挫其前锋，晋军连续出击，大败含军。王敦闻之，气愤而死，命以王应为嗣。王敦之党沈充闻敦举兵，亦兵攻建康与晋军刘遐、苏峻等部激烈交战，大败。王含逃奔荆州，被王舒沉于长江；钱风败走长江阖庐洲，被周光追斩；沈充为故将所杀；周抚、邓岳均亡入西阳蛮中。自此王敦之乱平定。325年八月，晋明帝司马绍（时二十七岁）病死，太子晋成帝司马衍（时五岁）即位。司马漾、王导、卞壶、郗鉴、庾亮、陆晔、温峤等受遗诏辅太子，尊皇后庾文君为皇太后，由皇太后临朝称制。庾氏是庾亮之妹，朝政大权遂落在庾亮手里。庾亮一得势，司马宗深为不满，不久被庾亮杀掉。庾亮杀了司马宗后，又图排挤王导，但担心荆州刺史陶侃势力强大，对自己不利，就用温峤为江州刺史，镇武昌（今湖北鄂城）以防备陶侃，接着，庾亮又调历阳（今安徽和县）内史苏峻到建康作大司农，企图以此夺苏峻兵权。327十一月，苏峻联合豫州刺史祖约，以讨伐庾亮为名，渡江进攻建康。328年初，苏峻攻破建康，放火焚烧，庾太后遭到逼辱，忧恐而死，庾亮逃往寻阳，投奔温峤。陶侃对庾亮不满，不愿出兵救建康，因温峤劝告，才同意出兵。陶侃、温峤大军顺江而下，打败了苏峻，收复建康。苏峻被杀，祖约败逃投附石勒，后为石勒所杀。战后，陶侃回荆州，自江陵移镇巴陵（在今湖南），温峤回江州武昌。庾亮自愧惹出苏峻之乱，请求外镇，出为豫州刺史，镇芜湖。朝廷大政仍归王导执掌。329年四月，温峤病卒，刘胤被任命为江州刺史。同年十二月，右军将军郭默向刘胤求资不得又受胤部将轻视，将刘胤及其僚佐斩杀，又掠胤女及诸妾财宝据为己有。司徒王导不究其罪而以郭继任江州刺史。太尉陶侃不满王导做法，遂发兵郭默；庾亮随即督率步骑二万配合陶侃讨伐郭默，很快平定了这次叛乱。339年七月，王导死去，成帝征庾亮入辅，担任丞相、扬州刺史、录尚书事，庾亮不肯就职，他信心十足地准备移镇襄阳，此时，邾城突然失陷（后赵以重兵围攻邾城时守将毛宝曾告急，庾亮轻敌，没有增援），庾亮自求贬官三等，此后，庾亮渐郁成疾，次年二月病死。342五月，晋成帝染病，其二子丕、奕尚在襁褓，庾冰极力劝成帝立其母弟司马岳为嗣。于是庾亮、何充及司马晞、司马昱、尚书令诸葛恢并受遗诏顾命。六月，成帝病逝，晋康帝司马岳即位，封成帝子丕为琅邪王，奕不东海王。康帝即位后，委政于庾冰、何充，随后任命何充为骠骑将军、领徐州刺史，镇守京口。十二月，立褚妃为皇后，征豫章太守褚裒为侍中、尚书，但裒因系皇后之父，不愿居中任事乞除江州刺史，镇半洲。343年七月，后赵汝南太守戴开率众降庾翼，于是庾翼率所部北伐，以桓宣为梁州刺史，前出丹水（在今河南）；桓温为前锋小督进入临淮（今江苏盱眙）。九月，庾亮上奏先移镇安陆（今湖北云梦），康帝及朝臣均遣使劝阻，但翼不听，违诏北行，至夏口（今湖北武汉黄鹄山），上表移镇襄阳，又以庾冰领江州刺史镇武昌以为自己后援。344年七月，桓宣为赵将李罴击败，翼复以长子庾方之代领宣众。同年九月，晋成帝病逝，十一月庾冰又死，庾翼遂还夏口，复督江州，北伐之事不了了之。344年，晋康帝病死，子晋穆帝司马聃即位。尊皇后褚氏为皇太后，当时穆帝年仅二岁，由褚太后临朝称制，加何充为中书监，录尚书事。346年十一月，桓温出兵伐成汉。347年三月，大军直指成都，李势逃往葭萌，送表请降，成汉亡。347年，东晋王朝占领巴蜀以后，通过张氏前凉政权，正式与拜占廷帝国建交。349年，石虎死，北方大乱。六月，征北大将军褚裒上书穆帝请求伐赵。七月，以裒为征讨大都督，率众三万直赴彭城（今江苏徐州），北方士民纷纷归附，赵将李农率骑二万击败裒。十二月，裒因北伐失败，渐愤病死。349年，桓温上疏请废殷浩，朝廷不得已免浩为庶人，自此内外大权全归桓温。354年二月，桓温统步骑四万由江陵出发北伐。水军自襄阳入均口（今湖北均县）至南乡（今河南浙川南），步兵自浙川（今河南西峡）趋武关。秦兵五万由太子苻苌、丞相苻雄等率领，在峣柳（在今陕西）拒温。两军大战于蓝田，秦兵大败，桓温进军至灞上，三辅郡县皆降。桓温兵到关中，秦王采取坚壁清野对策，桓温军中乏食而撤退，秦兵从后追击，温军屡败，伤亡万数。356年七月，桓温自江陵出发北伐。八月，至伊水，大败姚襄，收复洛阳。桓温极力主张还都，但朝臣已安于江南，无意还都洛阳，遂举朝反对桓温的还都计划。桓温军归去以后，司、豫、青、兖诸州又为燕夺去，365年洛阳也为燕所攻取。361年五月，晋穆帝司马聃死，年仅十九岁，穆帝无子嗣，皇太后令以成帝司马衍长子晋哀帝司马丕为嗣，即皇帝位，九月，册立妃王氏为皇后。哀帝司马丕即位后宠信方士，专食药物以求长生，终因服药过多中毒而丧失能力。364年三月，晋又以褚太后临朝摄政，暂行管理国家。365年二月，晋哀帝司马丕病死，无子嗣，皇太后以晋海西公司马奕为嗣，即皇帝位。369年四月，桓温率步骑五万北伐燕，七月，大军至枋头（在今河南）。邺中人心惶惶，燕主和大臣慕容评谋逃，慕容垂请战。慕容垂与慕容德率众五万拒温。燕主一面又派人求救于秦，许割地予秦。秦王苻坚派邓羌率步骑二万救燕。慕容垂设计断温粮道，不久桓温粮尽而退兵，燕军乘胜追击，温军死者三万余人。援燕的秦军，击温军于谯，温军死亡又以万计。枋头之战，是历史上一次大战，桓温大败。371年十一月，桓温拜见褚太后，请求废掉晋帝，另立丞相会稽王司马昱为帝，太后同意废立，桓温遂召集文武百官宣布废晋帝为东海王，同年，晋简文帝司马昱即位。371年十一月，桓温使人诬武陵王司马晞、太宰长中庚倩、散骑常侍庚柔等谋反，将他们都逮捕入狱，杀死东海王三子及其母，废武陵王及其三子的封号，免新蔡王司马晃为庶人，族诛殷涓、庾倩、庾柔等。庾蕴饮毒酒而死。庾希、庾弟庾邈、邈子庾攸之惧诛而流亡。372年七月，简文帝身患重病，急召大司马桓温回京为辅，一天之内连发四道诏令，桓温却固辞不至。皇太子晋孝武帝司马曜即位，褚氏认为司马曜年幼，命桓温入朝佐政，桓温仍然不从。373七月，桓温病死。桓温死后，朝廷加温弟荆州刺史桓豁为征西将军，都督荆、梁、雍、交、广五州诸军事；弟江州刺史桓冲为中军将军，都督扬、豫、江三州诸军事，扬、豫二州刺史，镇姑孰；豁子竟陵太守桓石秀为宁远将军、江州刺史，镇寻阳，三分了桓温生前的职务。温死时，晋孝武帝年方十岁，373年八月，崇德太后临朝摄政。375年五月，桓冲以宰相谢安有重望，将扬州刺史的职位让给谢安，谢安遂掌握了统摄京畿地区的大权。376年正月，皇太后下诏归政，晋孝武帝开始亲政，年十三，以郗愔为镇军大将军、都督浙东五郡军事。解除桓冲徐州刺史职务，以为车骑将军、都督豫、江二州之六郡诸军事，自京口徒镇姑孰。为了进一步削弱桓氏及其党羽，经谢安策划，解除了郗愔会稽内史职务。谢安为中书监、录尚书事，总揽了朝政。377年十月，朝廷任命谢玄为南兖州刺史，负责辞行组新军。谢玄把南兖州的军府从京口（今江苏镇江市）移到广陵（今江苏扬州市），因为晋人谓京口为北府，所以当时人称这支军队为“北府兵”。 379年，前秦兵取彭城、淮阴、盱眙，随进兵攻三阿，晋朝廷大震，临江戒备。秦军为晋兖州刺史谢玄打败了，退还淮北。383七月，苻坚下诏、大举攻晋。八月，以苻融为前锋都督，指挥慕容垂等步骑二十五万先行，苻坚随后继发，戎卒六十余万，骑二十七万，旗鼓相望，前后千里。苻融兵三十万，先到颍口。东晋以谢石为征讨大都督，谢玄为前锋都督，与将军谢琰，桓伊等率众八万，北上抗击秦军。晋军的主力，就是北府兵。苻坚派朱序去晋军大营，劝说谢石投降。朱序原是东晋襄阳太守。朱序到了晋营，，反给谢石划策：乘前秦诸军未集，宜速击之。十一月，谢玄遣刘牢之帅精兵五千人趣洛涧。梁成隔洛涧布阵以待。刘牢之渡水进击，大破梁成军，杀成。秦步骑崩溃，争赴淮水，士卒死者一万五千人。于是谢石大军，水路俱进，迫临淝水。苻坚和苻融登寿阳城东望，见晋军布阵严整，又望八公山上草木，皆以为晋兵。苻坚开始有惧色。秦军紧靠着淝水西岸布阵，晋军进到淝水东岸，与秦军隔水相峙。谢玄派人“使晋兵得渡，以决胜负”，苻坚“使之半渡，我以铁骑蹙而杀之”，苻融也同意这个主意。苻融指挥军队稍退，哪知大军一退，便收不住了。谢玄等领晋军渡水，冲杀过来。苻融想拦阻退兵，不想马倒，死在乱兵之中。朱序又乘机在阵后大呼：“秦军败矣！”苻融一死，秦军已慌，又听得秦军已败，一发不可收拾。晋军从后追杀，直追出三十多里。苻坚中流矢，只带领少数人退回淮北。公元384年，兖二州刺史谢玄、鹰扬将军刘牢之、上庸太守郭宝、徐、豫州刺史桓石虔 、济阳太守郭满等将领接连收复了一些北方失地。东晋朝廷以谢玄数月之间连克秦之徐、兖、青、司、豫诸州，加玄都督徐、兖、青、司、冀、幽、并七州诸军事。385年四月，蜀郡太守任权攻占成都，斩秦益州刺史李丕，东晋复取益州，以广州刺史罗友为益州刺史，镇守成都。公元386年，荆州刺史桓石民遣将军晏谦攻下弘农。这是东晋疆域最大的时候。公元384年，荆州刺史桓冲死，恒石民为荆州刺史。孝武帝和他弟弟会稽王司马道子猜忌谢安，为了避开矛盾，谢安自请出镇广陵之步丘。385年八月，谢安死，晋廷以司徒司马道子领扬州刺史、录尚书、都督中外诸军事。自此，道子继谢安掌权。对司马道子昏庸腐败，孝武帝也不满意了，遂以王恭为兖州刺史、殷仲堪为荆州刺史、王恂为尚书仆射，以张大皇室而潜制道子。公元396年，晋孝武帝死，子晋安帝司马德宗继位，司马道子摄政。道子委任王国宝、王绪，以对抗王恭、殷仲堪等。道子先以王国宝为中书令，兼中领军，后又任他为左仆射、领选举、加后将军、丹扬尹，领东宫兵。397年，兖州刺史王恭联合荆州刺史殷仲堪等，以讨王国宝为名起兵。道子无奈，诛王国宝，王恭退兵还京口。道子诛了王国宝，更用宗室司马尚之、休之兄弟，企图削弱地方势力。道子为防王恭、殷仲堪再次起兵，就任儿子司马元显为征虏将军，并帅领卫将军府兵和徐州兵。道子以王愉为江州刺史，并割豫州四郡使王愉为督。豫州刺史庚楷大怒，派人与王恭、殷仲堪、桓玄共同起兵，殷仲堪、桓玄共推王恭为盟主。道子以元显为征讨都督、假节，领兵讨伐王恭，元显使人劝说刘牢之归顺朝廷，王恭又以牢之门第低微而轻视之，因与刘牢之结怨。刘牢之遂背叛王恭，投附元显。王恭兵败被俘，送建康斩首。杨佺期、桓玄的兵到建康城外，殷仲堪至芜湖。刘牢之帅北府兵入京师，军于新亭。道子接受桓冲之子桓修的建议，用计拆散桓、杨、殷的联合。未经战斗，桓、杨、殷便撤军回荆州。荆州兵退后，司马元显便谋篡了其父道子之权，自为扬州刺史。元显性苛刻，生杀任意，他想建立一支自己的军队，但兵源不足，于是就“发东土诸郡免奴为客（依附民）者曰乐属，移置京师，以充兵役”，这损害了以客为主要劳动力的地主们的利益，失掉扬州东土的人心。399年十月，元显征发免奴为客者兵役，引起了三吴的骚乱，孙恩乘机自海上回来，攻上虞，杀县令，不久拥众数十万，吴兴太守谢邈、永嘉太守谢逸等人皆被杀。此次那些被杀和逃亡的地方官，大多是谢、顾、张、孔等族的人。东晋朝廷以元显领中车将军，以徐州刺史谢琰兼督吴兴、义兴军事，领兵镇压孙恩起义。刘牢之也领兵协助谢琰作战。400年初，谢琰攻杀义兴许允之，破吴兴丘尪。谢琰屯兵乌程（今浙江吴兴南），派司马高素领兵协助刘牢之向浙江（今钱塘江）推进，孙恩战败退入海岛。400年五月，孙恩再次从浃口（今浙江镇海东南）登陆，入余姚，破上虞，会稽太守谢琰骄傲轻敌，双方一交战，谢琰及二子均被斩杀。十一月，东晋派刘牢之都督会稽等五郡，帅兵击孙恩。孙恩败，撤回海岛。401年二月，孙恩出浃口，攻句章，为刘牢之所败，复走入海。三月，孙恩北趣海盐，为刘裕所败，转趣沪渎。六月，孙恩浮海溯江至丹徒（今江苏镇江东南）。这时，孙恩有战士十余万，战船千余艘。京师建康大震。孙恩知建康有备，遂北走郁州（今江苏连云港），遣别将攻入广陵，孙恩军为刘裕所败，死伤甚多，军力大减。至沪渎，又为刘裕所败，遂又退入海岛。402年三月，孙恩进攻临海，这次进攻，已是强弩之末了，孙恩进攻临海失败，知大势已去，便与部下一起投水而死。桓玄火并了殷仲堪和杨佺期后东晋朝廷命他都督荆、江、司、雍、秦、梁、益、宁八州和扬、豫八郡诸军事，兼任荆、江两州刺史。桓玄又以兄桓伟为雍州刺史，从子振为淮南太守，朝廷也只好依他。元显决定发兵征桓玄，以镇北将军刘牢之为前锋都督，自为骠骑大将军，征讨大都督，都督十八州诸军事。桓玄听得元显发兵，一面发檄文数说元显罪状，一面挥师东下，直指建康。历阳一战，俘豫州刺史司马尚之。司马休之败逃。元显所依靠的是北府将领刘牢之，但刘牢之率军投降了桓玄。元显不战而溃，被俘。桓玄入建业，杀元显。公元403年，桓玄废晋帝，自为皇帝，国号楚。不久他先借故杀了刘牢之，后又杀北府诸将。”桓玄篡位后，刘裕随徐、兖州刺史桓修入朝，桓玄的皇后刘氏劝玄杀刘裕，玄没有听从。404年二月，刘裕在京口，刘毅在广陵，同日起兵。刘裕杀徐、兖二州刺史桓修。刘毅杀青州刺史桓弘，领兵渡江至京口与刘裕军会合。众人共推刘裕为盟主，统众向建康进发。桓玄一面以侍中、后将军卞范之屯复舟山西，桓谦屯复舟山东北，一面派顿丘太守吴甫之、右卫将军皇甫敷率兵东向迎敌。刘裕和吴甫之、皇甫敷的军队在江乘（今江苏龙潭）相遇。刘裕斩吴甫之于军前，军至罗落桥，又大败皇甫敷军，斩皇甫敷。刘裕军进至复舟山东，桓谦军大溃。桓玄知桓谦等大军败绩，遂仓惶离开建康逃回荆州，收集战士，得二万多人，不久又帅军东下，与刘裕大战于峥嵘洲（今湖北黄冈附近）。此战桓玄败北，被杀。桓玄虽死，桓谦和桓玄从子桓振等在荆州继续抗击刘裕，有一年左右，才最后被消灭，桓玄退回荆州时，是带着东晋安帝一起走的。安帝是个白痴，又被刘裕迎回去，复了皇位。东晋军政大权，遂落入刘裕之手。409年，刘裕因南燕对边境的不断骚扰，率军北伐。刘裕进军与南燕军战于临朐南，这一战役，是两军的主力决战。南燕几乎全军覆没，南燕主慕容超只身逃回广固。410年二月，刘裕攻破广固城，生擒慕容超，斩于建康。南燕王公以下被杀者三千人，家口投入者万余。南燕亡。正当刘裕进兵南燕、围困广固的时候，孙恩的余部广州刺史卢循、徐道覆想乘机袭取建康。410年二月，卢循与徐道覆分两路出兵。卢循自始兴（今广东韶关市西）攻长沙，走现今湖南一线，这是西线。徐道覆出南康、庐陵、豫章，走今江西一线，这是东线。东晋江州刺史何无忌自浔阳迎击徐道覆。两军战于豫章。何无忌大败，战死。刘裕闻讯，慌忙班师南归，于四月间赶回建康。卢、徐合兵，沿江顺流而下，与刘毅的军队遇于桑洛洲（今江西九江东北）。毅军大败，辎重所弃，堆积如山。卢、徐顿兵建康城下两个月，师老兵疲，给养困难，南撤退守寻阳。此后，卢循、徐道覆与刘裕屡战不利，决计退军先取荆州，又为刘裕所败，遂退回广州。徐道覆退保始兴，因险自守。411年二月，晋军攻破始兴，徐道覆被杀。三月，卢循率部到广州，广州城已为刘裕从海路登陆的军队所攻取。卢循转战奔交州，兵败投水而死。412年十一月，刘裕在江陵消灭刘毅的反对势力。413年初，刘裕以朱龄石为益州刺史，率众伐蜀，413年五月，朱龄石至成都。谯纵逃出，自缢死，蜀平。公元416年，后秦主姚兴死，子姚泓即位。姚氏兄弟子侄间展开一场争夺王位的斗争。刘裕乘此机会，于八月间自建康发兵，北征姚泓。晋兵分五路出征，龙骤将军王镇恶、冠军将军檀道济将步兵自淮、淝向许、洛（主力）。417年七月，晋军自河入渭攻长安，大破长安守军，后秦主姚泓兵败出降。后秦亡。刘裕有一得力大臣叫刘穆之。刘裕领兵北伐，刘穆之留守建康，内总朝政，外供军旅。刘穆之病死。刘裕一怕朝中有变，二来他本无久留关中之心，于是便匆匆南返。他以十二岁的儿子义真为都督雍、梁、秦三州诸军事、安西将军、领雍、东秦二州刺史，镇守长安。留下为争功而不和的王镇恶、沈田子等人辅佐义真。刘裕东返后，夏主赫连勃勃即向长安进兵。沈田子忌恨王镇恶，诬镇恶谋反，把他杀害。义真的长史王修，以擅杀之罪杀田子。义真年少，用度无节，王修常加以裁俭。义真不高兴，有人乘机陷害王修，义真遂把王修杀了。夏主赫连勃勃得知长安政局的混乱，即迅速攻占长安附近的咸阳。义真在长安呆不住了，纵兵掠夺，多载宝货妇女，撤离长安。420年，刘裕废晋帝，自立为帝，改国号为宋，东晋亡。历史上以这一年为南北朝开始的年代。
