$A$、荧光成像显微技术是基于常规荧光显微镜，通过对其照明方式的改进，以特定结构光成像，从现突破衍射极限，获得高分辨率样品信息，进而由傅里叶变换获得样品显微图象的一种光学显微镜，是技术的突破，无新物质制造出来，故$A$错误；
$B$、分子马达是美国康奈尔大学研究人员在活细胞内的能源机制启发下，制造出的一种马达分子马达，又名分子发动机，是分布于细胞内部或细胞表面的一类蛋白质，故有新物质制造出，故$B$正确；
$C$、冷冻电镜，是用于扫描电镜的超低温冷冻制样及传输技术$\left(Cryo-SEM\right)$，可实现直接观察液体、半液体及对电子束敏感的样品，如生物、高分子材料等，是技术的突破，无新物质制造出，故$C$错误；
$D$、核磁共振是用于有机物中$H$原子种类和个数的测定的技术，无新物质制造出，故$D$错误。
故选：$B$。
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